疾病监测  2014, Vol. 29 Issue (9): 688-692

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徐征, 朱兵清, 高源, 徐丽, 邵祝军
XU Zheng, ZHU Bing-qing, GAO Yuan, XU Li, SHAO Zhu-jun
中国不可分群脑膜炎奈瑟菌的分子分型分析
Molecular typing of non sero-groupable Neisseria meningitidis in China
疾病监测, 2014, 29(9): 688-692
Disease Surveillance, 2014, 29(9): 688-692
10.3784/j.issn.1003-9961.2014.09.005

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收稿日期:2014-7-7
中国不可分群脑膜炎奈瑟菌的分子分型分析
徐征, 朱兵清, 高源, 徐丽, 邵祝军    
中国疾病预防控制中心传染病预防控制所, 传染病预防控制国家重点实验室, 北京 102206
摘要目的 了解我国血清不可分群(non-serogroupable,NG)脑膜炎奈瑟菌分子分型特征。 方法 选取我国2005-2011年分离的104株血清不可分群脑膜炎奈瑟菌作为研究对象,采用多位点序列分型(MLST)和聚合酶链反应(PCR)基因分群(A、B、C、W、E、X、Y、Z、H、I、L、K、cnl)方法,检测其ST序列群及基因群。 结果 104株不可分群脑膜炎奈瑟菌中,基因群分布为荚膜基因缺失菌株(capsule null locus,cnl)(36株)、B群(20株)、C群(14株)、W群(9株)、E群(9株)、X群(3株)和Y群(3株),余下10株未鉴定出基因群;未发现其他基因群菌株。MLST分型将104株NG菌株分为45种ST型,其中14种为新的ST型;17种ST型可归为7个序列群(65株);cnl菌株全属于ST-198序列群,B群和C群菌株以ST-4821为优势序列群,W群以ST-11和ST-174序列群为主。 结论 我国NG脑膜炎奈瑟菌具有基因多态性,其中ST-198序列群全部为cnl菌株。
关键词脑膜炎奈瑟菌     不可分群     多位点序列分型     基因群    
Molecular typing of non sero-groupable Neisseria meningitidis in China
XU Zheng, ZHU Bing-qing, GAO Yuan, XU Li, SHAO Zhu-jun     
State Key Laboratory for Infectious Disease Prevention and Control, Institute for Communicable Disease Prevention and Control, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing 100026, China
Abstract:Objective To understand the molecular typing characteristics of 104 non sero-groupable (NG) Neisseria meningitidis strains in China. Methods A total of 104 NG N.meningitidis strains isolated in 2005-2011were characterized by multilocus sequence typing (MLST). Genogroups (A, B, C, W, E, X, Y, Z, H, I, L, K and cnl) were determined by PCR. Results The 104 NGN. meningitidisstrains included capsule null locus (cnl) strains (n=36), genogroup B strains (n=20), genogroup C strains (n=14), genogroup W strains (n=9), genogroup E strains (n=9), genogroup X strains (n=3) and genogroup Y strains (n=3). There were 10 strains which could not be genogrouped. No NG isolates belonging to other genogroups were identified. By MLST analysis, 104 NG N.meningitidis were identified to belong to 45 sequence types (ST) clonal complex, 14 of which were new sequence types; 17 sequence types can be grouped into 7 ST clonal complex (n=65); cnlstrains all belonged to ST-198 complex. The predominant ST complex of genogroup B and genogroup C was ST-4821, and ST-11, ST-174 were predominant in ST complex of genogroup W strains. Conclusion The NG N. meningitidis strains in China showed significant gene polymorphism, and the ST-198 complex strains were all identified as cnl strains.
Key words: Neisseria meningitidis     Non-sero-groupable     MLST     Genogroup    

脑膜炎奈瑟菌(Neisseria meningitidis,Nm)是引起流行性脑脊髓膜炎(流脑)的病原菌,也是细菌性脑膜炎的主要病原菌之一[1]。根据荚膜多糖的结构,脑膜炎奈瑟菌分为A、B、C、X、Y、Z、E、W、L、H、I和K共12个血清群。另有一些菌株不能归为以上血清群,称为不可分群菌株(non-serogroupable,NG)[2]。能引起侵袭性流脑病例的菌株多具有完整的荚膜,主要包括A、B、C、W、Y和X 6个血清群[3, 4]

一直以来,NG菌株在健康人群中携带率较高,被认为没有致病性或仅在免疫低下的人群中引起感染[5]。但是,由NG菌株致病的情况也屡见报道[6, 7],2010年,我国也发现了首例由NG菌株感染引起的脑膜炎病例[8]

本研究采用普通聚合酶链反应 (polymerase chain reaction,PCR)方法,对我国2005 2011年分离的104株NG脑膜炎奈瑟菌菌株进行了基因分群,并运用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)方法,对这些菌株进行了分子分型分析。 1 材料与方法 1.1 材料 1.1.1 菌株

104株NG脑膜炎奈瑟菌分离自我国17个省(直辖市)的健康带菌者,分离时间为2005 2011年;其中1株分离自北京2009年脑膜炎患者脑脊液。 1.1.2 主要仪器、试剂

PCR仪为Bio-Rad DNAEngine,凝胶成像仪为Gel Doc XR,均为Bio-Rad公司产品;Taq DNA聚合酶、dNTPs及100 bp DNA Marker购于TaKaRa生物工程公司。DNA提取采用Promega Wizard基因组DNA纯化试剂盒。PCR引物由上海生物工程有限公司合成。 1.2 方法 1.2.1 菌株鉴定和DNA提取

所有脑膜炎奈瑟菌经涂片革兰染色、API NH(法国生物梅里埃公司)生化鉴定和血清学玻片凝集检测(美国Remel公司分群血清),证实为NG脑膜炎奈瑟菌。收集哥伦比亚巧克力平板上新鲜培养的菌苔,用Promega试剂盒提取染色体DNA。 1.2.2 基因分群PCR

用于A、B、C、W、Y、E、X、Z、H、I、L、K基因群鉴定的PCR方法参照文献 ,荚膜基因缺失菌株(capsule null locus,cnl)的鉴定采用一对覆盖整个荚膜基因A区和C区的引物(位于荚膜基因C区上游的tex和A区下游的galE基因中)[12, 13]。所有引物序列见表 1。质控阳性菌株号分别为A(CMCC29019)、B(CMCC 29021)、C(CMCC 371101)、E(CMCC 29034)、W(CMCC 29037)、Y(CMCC 29028)、H(CMCC 29031)、I(CMCC 29044)、K(CMCC 29046)、Z(ATCC35562)、L(ATCC43828)和X(CMCC 29040)。

表 1 NG脑膜炎奈瑟菌菌株基因分群引物序列 Table 1 Primer sequences for genogroup analysis of NG N.meningitidis
基因群引物名称序列(5′~3′)目的基因扩增片段长度(bp)参考文献
AOrf2-Fcgc aat agg tgt ata tat tct tccOrf2400[9]
Orf2-Rcgt aat agt ttc gta tgc ctt ctt
BsiaD-Fgga tca ttt cag tgt ttt cca ccasiaD450[9]
siaD-Rgca tgc tgg agg aat aag cat taa
WW-Fcag aaa gtg agg gat ttc cat asynF120[9]
W-Rcac aac cat ttt cat tat agt tac tgt
YY-Fctc aaa gcg aag gct ttg gtt asynG120[9]
Y-Rctg aag cgt ttt cat tat aat tgc taa
CsynE-Ftcc aag att ccc agt ggt ttg csynE711[9]
synE-Ract tca tct gaa aca gga tag cg
EE-Fatt acg ctg acg gca tgt ggactrA-29E667[10]
E/X/Z-Rttg tcg cgg att tgc aac ta
XX-Fgtc ttt gta taa ggc cca agctrA-X625[10]
E/X/Z-Rttg tcg cgg att tgc aac ta
ZZ-Ftat gcg gtg ctg ttc gct atgctrA-Z667[10]
E/X/Z-Rttg tcg cgg att tgc aac ta
HwnmA-Ftga tct acc caa ggc aca tacwnmA1454
GalEGC1gga cgg cgg cag acg agt tgcAC区
1.2.3 MLST

MLST是通过测定7个管家基因的核苷酸序列来发现细菌变异的分型方法。使用普通PCR方法扩增7个等位基因并测定其序列,方法参照文献[14]。PCR产物由天一辉远基因公司测序。测序结果递交MLST网上数据库进行比对,获得等位基因序列号、ST型和序列群。用Excel软件进行数据的整理分析。 1.2.4 菌株进化关系分析

采用BioNumerics构建多位点序列分型的最小生成树,分析菌株基因群结构和遗传进化关系。 2 结果 2.1 基因群分布

通过基因分群PCR鉴定,104株NG菌株中,36株为cnl菌株(34.6%),20株为B群(19.2%),14株为C群(13.4%),9株为W群(8.6%),9株为E群(8.6%),3株为X群(2.9%),3株为Y群(2.9%)(表 2)。10株菌株没有鉴定出基因群(所有分群引物扩增结果均为阴性),未发现其他基因群的菌株。

表 2 104株NG脑膜炎奈瑟菌菌株基因群分布(1) Table 2 Genogroup distribution of 104 NG N.meningitidis strains
基因群菌株数量ST序列群(菌株数) ST型别(菌株数)ST型数
cnl
36
ST-198(36)
2146(25);7960(1);8237(1);8239(1);
8243(2);10611(2);8717(1);10589(3)
8
B



20



ST-4821(2);
ST41/44(1);
UAb(17)

3200(1);4821(1)10590(1)5542(1);5615(1);5819(2);5863(2);6927(2);6934(2);7157(1);7962(1);8490(1);8718(1);10591(1);10592(1);10746(1)16



C
14
ST-4821(9);
UA (5)
4821(5);5473(4)5542(1);8714(1);8721(1);10755(1);10757(1)7
W
9
ST-11(3);
ST-174(6)
11(3)6933(6)2
Y
3
ST-175(1);
ST-92(2)
175(1)92(1);10606(1)3
E9UA(9)5586(5);8238(1);10610(1);10616(1);10617(1)5
X3UAb(3)5470(1);8438(1);8676(1)3
NT

10

ST-4821(3);
ST-175(2);
UA(5)
3200(1);4821(2)175(2)5542(1);5819(1);10108(1);10474(1);10615(1)8

注:(1)NT为基因未分群;UA为无序列群分类。
2.2 MLST分型

104株NG菌株共分为45种ST型,包括14种新的ST型,其中17个ST型可归为7个序列群(65株),ST-198序列群以ST-2146型为主(25株),C群的ST-4821序列群以ST-4821型为主(5株)。总体而言,数量最多的序列群为ST-198序列群,数量其次的为ST-4821序列群(图 1)。由图 1可以看出cnl菌株均属于ST-198序列群。ST-4821序列群涵盖B、C基因群和基因未分群,除ST-4821序列群外,已定义的同一序列群菌株都属于相同的基因群(不包括未分群)。反之,同一基因群的菌株可以包括不同的序列群。B群包括ST-4821和ST41/44两种序列群;C群包括ST-4821序列群;W 群包括ST-11和ST-174两种ST序列群;Y群包括ST-175和ST-92序列群;E群和X群的菌株都未能归入已定义的ST序列群。10株未能鉴定出基因群的菌株中,5株属于ST-4821和 ST-175序列群,另外5株未能归入已定义的ST序列群。

图 1 中国NG脑膜炎奈瑟菌多位点序列分型最小生成树 Figure 1 Minimum spanning tree of sequence type of 104 NG N.meningitidis strains 注:图中每个圈代表一种ST型,圈的大小代表菌株数量的多少,不同的颜色代表不同的基因群。
3 讨论

NG脑膜炎奈瑟菌株多为健康人群携带,较少致病。NG脑膜炎奈瑟菌形成的机制有3种,对于B、C、Y基因群,siaD基因滑链错配或者点突变使其终止密码子提前出现,从而使荚膜的生物合成和转运障碍,导致荚膜的缺失;其次IS元件的插入也可导致荚膜基因的不表达;第三种机制为荚膜基因A区和C区缺失所形成的cnl菌株[12]。前两种情况形成的菌株仍然可以用PCR进行基因分群。

本次研究对来自全国不同地区共104株NG脑膜炎奈瑟菌进行了基因群鉴定和MLST分型。基因群鉴定结果显示,我国NG脑膜炎奈瑟菌基因群主要为B、C、W、E,这与我国健康人群鼻咽部分离的可分群菌株的血清群一致[15, 16]。值得注意的是A群菌株,早期的研究结果显示,欧洲NG脑膜炎奈瑟菌中未发现A基因群菌株,但因为血清可分群的A群脑膜炎奈瑟菌在该地区非常少见,所以并未引起研究者的关注[12]。在我国,A群是目前我国主要流行菌群之一,而且在中西部还是优势菌群[16],然而本研究中我们也未发现基因群为A的菌株,提示A群菌株在荚膜基因的稳定性上不同于其他血清群。

我国血清可分群B群和C群的脑膜炎奈瑟菌的流行都以ST-4821序列群为主[17],本研究中的B群与C群的ST序列群均包括ST-4821序列群,基因群为W的NG脑膜炎奈瑟菌主要的ST序列群为ST-11和ST-174,并以ST-174序列群为主,ST-174和ST-11也是可分群W的主要序列群[15, 18]。这一结果说明我国NG脑膜炎奈瑟菌株与可分群脑膜炎奈瑟菌株的主要ST群一致。

本研究中,cnl菌株的MLST分型全部为ST-198序列群,而所有ST-198序列群也都是cnl菌株。cnl菌株缺少荚膜基因A区和C区,作者认为cnl菌株已不表达荚膜。由MLST数据库检索可知,国外cnl菌株并不全属于ST-198序列群,如第1株全基因组测序的cnl菌株(α14)属于ST-53序列群;国外ST-198序列群菌株也涵盖B、W、E、X等多个血清群。这一结果提示中国的ST-198序列群的cnl菌株在进化上可能属于一个独立的分支,这也是我国第一次对cnl菌株进行分析。

脑膜炎奈瑟菌的荚膜是脑膜炎奈瑟菌的主要毒力因子之一,可以抵御宿主补体介导的溶菌作用及单核巨噬细胞调理吞噬作用。然而,荚膜也是宿主黏膜免疫的靶成分,因此荚膜缺失反而有利于菌株的定植和侵袭[19, 20]。近几年的NG致病病例在全球范围内都有发生,提示我们需要对中国NG脑膜炎奈瑟菌的研究应引起重视。同时,NG脑膜炎奈瑟菌在人群中携带而又极少致病,提示其在维持机体内微生态系统平衡中是否起到一定的作用。本研究结果也显示,NG菌株与血清可分群菌株之间存在紧密的关系,因此,研究NG菌株也是阐释可分群菌株致病及流行特征的另一种角度和途径。

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