疾病监测  2016, Vol. 31 Issue (7): 603-608

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袁梦, 袁月明, 罗锦雁, 陈宏彬, 胡鹏威, 段永翔
YUAN Meng, YUAN Yue-ming, LUO Jin-yan, CHEN Hong-bin, HU Peng-wei, DUAN Yong-xiang
金黄色葡萄球菌毒力基因检测及Spa分型研究
Virulence gene detection and Spa typing of Staphylococcus aureus
疾病监测, 2016, 31(7): 603-608
Disease Surveillance, 2016, 31(7): 603-608
10.3784/j.issn.1003-9961.2016.07.015

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收稿日期:2016-02-29
金黄色葡萄球菌毒力基因检测及Spa分型研究
袁梦, 袁月明, 罗锦雁, 陈宏彬, 胡鹏威, 段永翔     
深圳市南山区疾病预防控制中心微生物检验科, 广东 深圳 518054
摘要: 目的 研究深圳市南山区2009-2015年医院内患者临床检测标本、医院台面与医护人员双手涂抹样以及食物中毒样本中金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,SA)蛋白A基因多态性分型(single locus DNA-sequencing of the repeat region of the Staphylococcus protein A gene, Spa)的特征及毒力基因分布情况。 方法 采用多重PCR方法检测SA的mecA与femA基因,PCR方法检测24个毒力基因以及SA蛋白A基因,PCR产物测序后序列上传数据库进行比对。 结果 87株SA共检出48株耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant S. aureus,MRSA),检出率为55.2%。共检出21种毒力基因,检出率>60%的毒力基因有LUKDE(65.5%)、SHE(67.8%)、mpHLG 2(85.1%)、HLD(93.1%)和 HLA(100.0%)。94.3%菌株携带5个以上毒力基因。三类样本中有11种毒力基因检出率差异有统计学意义,分别是SEBmpSECmpSEJmpSEOTSTHLBHLDmpHLG 1mpHLG 2mpETBPVL。其中mpETBPVL仅在患者中检出,肠毒素基因在食物中毒株中携带率较高。MRSA与甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(methicillin-sensitive S.aureus,MSSA)的3种毒力基因检出率差异有统计学意义,分别是mpETAPVLmpHLG 2;MRSA的毒力基因mpETAPVL检出率明显高于MSSA(P=0.033, P=0.030),而mpHLG 2检出率明显低于MSSA(P=0.021)。87株SA分为24种Spa型,患者优势型别为t030(30.0%)与t437(36.7%),医院其他样本优势型别为t091(50.0%),食物中毒优势型别为t127(36.8%)与t091(21.1%)。 结论 三类样本部分毒力基因检出差异有统计学意义。MRSA与MSSA携带毒力基因差异无统计学意义。三类样本中均存在优势的Spa型别。
关键词金黄色葡萄球菌     耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌     甲氧西林敏感的金黄色葡萄球菌     毒力基因     蛋白A基因多态性分型研究     聚合酶链反应    
Virulence gene detection and Spa typing of Staphylococcus aureus
YUAN Meng, YUAN Yue-ming, LUO Jin-yan, CHEN Hong-bin, HU Peng-wei, DUAN Yong-xiang     
Nanshan District Center for Disease Control and Prevention, Shenzhen 518054, Guangdong, China
Abstract: Objective To study the distribution of virulence genes and the Spa types of Staphylococcus aureus isolated from patients, smears of material surface and medical workers' hands and samples from food poisoning cases in Nanshan district in Shenzhen from 2009 to 2015. Methods The mecA and femA genes of S.aureus were detected by multiplex polymerase chain reaction (PCR). Twenty four kinds of virulence genes and protein A gene of S.aureus were detected by PCR, the products of PCR were sequenced and the results were aligned with those in Spa database. Results Among 87 S.aureus strains, 48(55.2%) were methicillin-resistant S. aureus (MRSA). Twenty one virulence genes were detected, the virulence genes with detection rate >60% included LUKDE(65.5%), SHE(67.8%), mpHL G2(85.1%), HLD(93.1%), HLA(100.0%). Up to 94.3% of the strains carried more than 5 virulence genes. The positive rates of 11 of kinds virulence genes(SEB, mpSEC, mpSEJ, mpSEO, TST, HLB, HLD, mpHL G1, mpHL G2, mpETB, PVL) were different. MpETB and PVL genes were detected only in patient samples.The positive rate of enterotoxins in food poisoning samples was higher.The positive rates of 3 kinds of virulence genes(mpETA, PVL, mpHL G2) were significantly different between MRSA and methicillin-sensitive S.aureus (MSSA). The positive rates of mpETA and PVL were higher (P=0.033, P=0.030), but the positive rate of mpHL G2 was lower in MRSA strains (P=0.021). Among the 87 strains, 24 Spa types were identified. t437 and t030 were the top two Spa types of S.aureus strains from patients, accounting for 36.7% and 30.0% respectively, t091 was the predominant Spa type of S.aureus from smears of material surfaces and medical workers' hands, accounting for 50.0% and t127 and t091 were the top two Spa types of S.aureus from food poisoning samples, accounting for 36.8% and 21.1% respectively. Conclusion The positive rates of virulence genes in the S.aureus strains from 3 kinds of samples were significantly different, but the positive rates of virulence genes in MRSA and MSSA had no significant difference. There were predominant Spa types in the S.aureus strains from 3 kinds of samples.
Key words: Staphylococcus aureus     Methicillin resistant Staphylococcus aureus     Methicillin sensitive Staphylococcus aureus     Virulence genes     Spa typing     Polymerase chain reaction (PCR)    

金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,SA),为医院感染和社区感染的重要病原菌,也是引起食品污染导致食物中毒最常见的细菌之一。其致病性与它产生的多种外毒素有关,肠毒素是引起食物中毒的主要因子,中毒性休克综合征毒素可引起多个器官系统的功能紊乱或中毒性休克综合征[1],表皮剥脱毒素与人葡萄球菌性烫伤样皮肤综合征密切相关[1],白细胞毒素在坏死性皮肤损害和坏死性肺炎等疾病中起了重要作用[2],溶血毒素易引起化脓性炎症。本研究对24种毒力基因进行检测,分别是肠毒素基因(SEA、SEBmpSECSEDSEE、SEGSHESEImpSEJmpSENmpSEOmpSEM),中毒性休克综合征毒素基因(TST),表皮剥脱素基因(mpETAmpETB),白细胞毒素基因(PVLLUKDE、LUKM),溶血素基因(HLAHLBHLDmpHLG1mpHLG2)及表皮细胞分化抑制因子(EDIN),以研究各种毒力基因分布情况以及不同样本间携带毒力基因的差异。

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant S. aureus,MRSA)已成为临床上治疗感染的较为棘手的难题之一。对不同样本进行MRSA检测,了解MRSA的分布情况以及与携带毒力基因的相关关系对临床治疗有重要作用。

表面蛋白A是SA编码的毒力因子之一,编码蛋白A的基因包括X区,X区由于重复序列数目、特征和排列顺序不同而具有高度多态性[3],通过对蛋白A基因保守区域扩增测序,序列上传数据库进行比对,此分型方法为 蛋白A基因多态性分型(single locus DNA-sequencing of the repeat region of the Staphylococcus protein A gene,Spa)分型。该分型方法具有高分辨率,分型准确,快速,重复性好和易于操作等特点,结果利于国际及国内数据比较[4]。本研究采用Spa分型方法分析医院内患者临床检测标本、医院台面与医护人员双手涂抹样以及食物中毒样本中SA蛋白A基因多态性分型,以掌握Spa优势型别为疾病溯源提供科学依据。

1 材料与方法 1.1 菌株来源

60株SA分离自院内患者临床检验样本,其中穿刺液3株;粪便1株;活检组织块1株;尿液2株;脓液5株;伤口分泌物11株;痰28株;胸水1株;血液3株;咽拭子5株。8株SA分离自医院其他样本(医院台面涂抹样与医护人员双手涂抹样),19株分离自食物中毒样本,共计87株。菌株分离年代:2009年分离11株(3株食物中毒样,8株医院其他样本);2011年分离21株(8株食物中毒样,13株院内患者样本);2013年分离3株均为食物中毒样;2015年分离52株(51株院内患者样本,1株医院其他样本)。

1.2 主要试剂

聚合酶链反应(PCR)相关试剂购自大连宝生物工程有限公司,PCR产物测序由上海生工生物有限公司完成,DNA提取试剂盒由美国Qiagen公司生产。

1.3 主要仪器

基因扩增仪(英国Barloworl公司);电泳仪(Major Science);凝胶成像系统(Bio-Rad公司)。

1.4 方法 1.4.1 菌株的分离鉴定

所有菌株均经全自动细菌生化鉴定仪鉴定。

1.4.2 引物设计与合成

24种毒力基因及蛋白A基因引物序列见相关文献[5-7],由上海生物工程有限公司合成。模板DNA制备按照Qiagen公司试剂说明书(51304)进行。多重PCR检测mecA、femA基因方法见参考文献[8-9]。PCR检测24种毒力基因方法见参考文献[10]。PCR检测蛋白A基因方法见参考文献[7, 11]。PCR扩增产物电泳,凝胶成像仪观察结果并拍照。蛋白A基因PCR产物测序,测序结果上传Spa数据库。

2 结果 2.1 MRSA检测

同时检出mecA与femA基因判定为MRSA,仅检出femA基因为甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(methicillin-sensitiveS.aureus,MSSA)。87株SA经多重PCR扩增,48株菌(55.2%,48/87)判定为MRSA。45株分离自患者样本,其中样本来源以痰为主25株,占52.1%,其余依次为伤口分泌物8株(16.7%);脓液4株(8.3%);咽拭子4株(8.3%);穿刺液、粪便、活检组织块、尿液和血液各1株,占2.1%。食物中毒食品样本和医院台面涂抹样中分别有2株和1株判定为MRSA,占4.2%和2.1%。

2.2 毒力基因检测 2.2.1 检出情况

共检出21种毒力基因,SEELUKMEDIN 3种毒力基因未检出。21种毒力基因检出率见图 1。分离率>60.0%以上的毒力基因有LUKDESHEmpHLG2HLDHLA

图 1 21种毒力基因检出率 Figure 1 Positive rates of 21 kinds of virulence genes
2.2.2 不同样本及菌株携带毒力基因比较

共有11种毒力基因的携带率在三类样本间存在差异,见表 1

2.3 Spa分型结果 2.3.1 SA不同Spa型别菌株分布 87株SA经过

扩增蛋白A基因,PCR产物测序,测序结果上传数据库比对,结果分为24种Spa型。每种Spa型检出菌株数见图 2,t437型和t030型最多,分别为22株和18株。t030与t437型别来源于患者株,t127来源于食物中毒株,t091型4株来源于医院其他样本株,4株来源于食物中毒株,1株来源于患者株。

图 2 不同Spa型别菌株数分布情况 Figure 2 Distribution of S. aureus strains with different Spa types
2.3.2 Spa分型结果

87株SA分为24种Spa型,不同Spa型别的重复序列号、菌株类型、样本来源以及相应型别检出的菌株数,见表 2

表 1 三类样本间以及MRSA和MSSA毒力基因携带情况比较 Table 1 Comparison of virulence gene carriage among strains from 3 kinds of samples and between MRSA and MSSA
毒力基因医院其他样本(n=8,%)患者临床标本分离株(n=60,%)食物中毒株(n=19,%)PMRSA(n=48,%) MSSA(n=39,%) P
肠毒素基因
SEA37.5 25.042.10.32322.938.50.115
SEB25.035.05.30.04027.128.20.907
mpSEC12.55.036.80.0028.317.90.309
SED0.01.710.50.2262.15.10.855
SEG37.515.015.80.28410.425.60.062
SEH87.563.373.70.32168.864.10.647
SEI37.515.015.80.28410.423.10.110
mpSEJ0.01.721.10.0134.27.70.811
mpSEN37.513.315.80.19410.417.90.311
mpSEO62.525.052.60.01927.143.60.107
mpSEM37.511.715.80.14310.420.50.189
中毒性休克综合征毒素基因
TST0.015.042.10.02016.723.10.453
表皮剥脱素基因
mpETA0.041.742.10.05547.925.60.033
mpETB0.01.70.0-0.02.60.448
白细胞毒素基因
PVL0.030.00.0-29.210.30.030
LUKDE62.568.357.90.69466.764.10.802
溶血素基因
HLA100.0100.0100.0-100.097.5-
HLB25.053.30.00.00047.928.20.061
HLD62.595.0100.00.01895.889.70.491
mpHLG137.518.30.00.01820.810.30.182
mpHLG262.583.3100.00.03077.194.90.021
表 2 不同样本来源分离菌株Spa分型结果 Table 2 Result of Spa typing of S. aureus strains from different sources
Spa型别重复序列号菌株类型样本来源菌株数
t00226-23-17-34-17-20-17-12-17-16MSSA食物中毒样1
t01908-16-02-16-02-25-17-24MRSA伤口分泌物1
t06226-23-17-12-17-16MSSA伤口分泌物1
t73107-06-17-21-34-22-34MSSA医院双手涂抹样1
t79607-23-21-17-12-23-02-12-23MSSA食物中毒样1
t89907-16-23-02-34MSSA伤口分泌物1
t108108-16-02-43-34-17-34MRSA1
t138004-17-20-17-25-34MRSA穿刺液1
t168907-23-21-17-34-66-23-02-12-23MSSA医院台面涂抹样1
t348504-20-17-20-17-20-17-25-34MSSA胸水1
t454904-34-21-17-21-17-34-22-25MRSA伤口分泌物1
t763704-34-21-17-21-17-34-22-25MRSA伤口分泌物1
t1372726-17-34-17-17-17-17-16MRSA脓液1
t11407-16-34-33-13MRSA食物中毒样2
t11608-16-02-16-13-13-17-34-16-34MRSA2
t16407-06-17-21-34-34-22-34MSSA食物中毒样2
t5284MSSA咽拭子,渗出液2
t252414MSSA病灶、医院台面涂抹样2
t18907-23-12-21-17-34MSSA食物中毒样,医院台面涂抹样3
t03715-12-16-02-25-17-24MRSA5
t12707-23-21-16-34-33-13MSSA7份食物中毒样7
t09107-23-21-17-34-12-23-02-12-23MRSA医院双手涂抹样1
t09107-23-21-17-34-12-23-02-12-23MSSA4份食物中毒样,3份医院双手涂抹样,1份痰8
t03015-12-16-02-24-24MSSA尿液、痰2
t03015-12-16-02-24-24MRSA1份尿液,3份咽拭子,12份痰16
t43704-20-17-20-17-25-34MSSA1份痰,1份伤口分泌物,2份血液,2份穿刺液6
t43704-20-17-20-17-25-34MRSA1份咽拭子,1份血液,1份粪便,1份活检组织块,2份脓液,5份痰,5份伤口分泌物16
3 讨论

MRSA目前已成为医院感染的主要病原菌之一,MRSA与MSSA相比,具有更强的能力引起医院感染及菌血症[12]mecA基因的存在是MRSA耐β内酰胺类抗菌药物的主要原因之一[13],因此mecA基因可作为MRSA的分子标记 [14],一旦SA检出mecA基因即可定为MRSA[15]。本研究采用多重PCR方法对三大类样本的87株SA进行MRSA与MSSA检测。结果表明,48株为MRSA,分离率55.2%与文献报道MRSA分离率为40%~60%一致[16]。来源于患者株样本类型较为复杂,每种类型样本数量不同,每种类型样本均有MRSA株检出。3株MRSA分离自食物中毒与医院其他样本,2株为一起食物中毒食品中分离得到,该起食物中毒,肛拭子中未分离到MRSA菌株,经过Spa分型显示,食品与肛拭子型别不一致,肛拭子分离的SA携带毒力基因数量较多,可能与分离菌株中存在多种Spa型别有关,提示在食物中毒检测中,不能以单纯检出目标菌就说明该起食物中毒是由该菌引起,挑取菌落应挑取多个,而不是单一菌落进行鉴定,才有利于进一步做相应的溯源研究。虽仅有1株双手涂抹样为MRSA,但Spa型别为t091型,是医院其他样本中的优势型别,故还需加强医院环境监测。

SA的致病性与其高毒力有关,本研究检测SA的24个毒力基因,仅有3个毒力基因未检出。结果表明,有5株MRSA携带毒力基因少于5个,其余菌株均携带5个以上的毒力基因,25.0%(10/40)的MSSA与14.9%(7/47)的MRSA携带10个或以上的毒力基因, 两者差异无统计学意义(P=0.236)。本研究结果与有关报道不同,湖北省黄州区医院,MSSA菌株携带15个或以上毒力基因明显高于MRSA菌株[17],相反,浙江省医院,MSSA菌株携带 10个或以上毒力基因明显低于MRSA菌株[18],具体原因尚不清楚,可能与地域差异有关。

有研究报道[19],SA菌株获得耐药的同时伴随毒力因子的改变,是否会使毒力因子表达降低,有待本课题进一步研究。

本研究中三类样本中有4种肠毒素基因存在差异,患者株SEB基因携带率最高,其余3种肠毒素mpSECmpSEJmpSEO均为食物中毒株携带率较高,亦说明SA导致食物中毒的致病因子主要表现为肠毒素。MRSA与MSSA携带肠毒素基因分布情况,该毒素基因携带率MRSA普遍低于MSSA与报道相符[20]。溶血素基因HLAHLD携带率分别为100%与93.1%,为本研究中21种毒力基因携带率较高基因与多处文献报道一致[21-22],这两种溶血素基因普遍分布于SA中。

PVL在SA所致的皮肤及软组织损害和坏死性肺炎等疾病中起重要作用,SA通过噬菌体溶源转换机制获得产PVL能力,因此对MRSA菌株监测筛查PVL基因值得临床高度重视[23]。MRSA菌株PVL基因的检出率明显高于MSSA和文献报道类似[24]PVL毒素基因仅存在患者株中,14株为MRSA,4株为MSSA,MRSA检出率高于MSSA。携带PVL毒素在患者临床检测样本中均有不同程度的分布,可见样本分布范围较广且复杂。携带PVL毒素基因的型别主要为t437与t030型,为本研究患者株的优势型别。因此,本研究中携带PVL毒素基因的菌株,无论是从样本来源、型别特征还是MRSA菌株,因其易感性和易传播增加,更应加强感染防控措施。

本研究利用Spa分型方法对SA进行分型,87株菌共分为24种Spa型,t030(2011年5株,2015年13株)与t437型(2011年1株,2015年21株)为患者样本的优势型别,t030与文献报道的该型别为我国的主要的流行克隆型结果一致[3, 25]。Geng等[26]的研究显示,t437是社区获得性感染的最主要的克隆株,李克诚等[27]研究也表明t437克隆株的患者均为住院患者,两者研究结果与本研究结果一致。推断这些患者有可能为社区感染,但也不排除院内感染。两种型别分别检出18(30.0%)株与22(36.7%)株。其中t030型,16株为MRSA,13株携带5个以上毒力基因,3株携带10个毒力基因,样本来源以痰为主。t437型,16株为MRSA,16株均携带5个以上毒力基因,样本来源以痰及伤口分泌物为主。两种型别为优势型别,大部分为MRSA且携带较多毒力基因,提示医院要加强检测,控制传染源,防止院内感染。为何为MRSA的t030与t437型携带较多的毒力基因,有待进一步的研究。医院其他样本、食物中毒株与患者株Spa型有较大区别,前两者与患者株之间没有共同的优势型别。食物中毒株t127与t091型为优势型别,分别检出7株(2011年4株,2013年3株)与4株(2009年3株,2011年1株)。医院其他样本t091型为优势型别,检出4株(2009年4株)。两类样本中均检出t091型,其中仅有1株t091型为MRSA,其余为MSSA,两种型别均携带5个以上毒力基因,其中2株t091携带10个毒力基因。食物中毒株没有检出MRSA但携带毒力基因较多,说明引起食物中毒与菌株携带毒力基因有相关关系。7株t127型SA均来源于食物中毒样本,食品与肛拭子分离出SA型别与携带毒力基因一致,均检出肠毒素基因,能够进行溯源。Spa分型对于调查疾病源头,尽快查找原因有着积极意义,并且Spa分型有着快速简单高效、易于推广的特点,可以广泛应用于SA的溯源研究。

监测医院内MRSA菌株及来自于外环境与医院样本分离的SA所携带毒力基因,可为临床治疗和感染控制措施提供依据。快速、高效的Spa分型技术不仅能分析各分离株的亲缘性还可为院内感染、食物中毒提供溯源。

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