鼠疫菌基因组"默认编码序列" 数据库的建立与初步研究

张恩民 王琪 申小娜 陈晨 俞东征 海荣

引用本文: 张恩民, 王琪, 申小娜, 陈晨, 俞东征, 海荣. 鼠疫菌基因组"默认编码序列" 数据库的建立与初步研究[J]. 疾病监测, 2010, 25(6): 436-439. DOI: 10.3784/j.issn.1003-9961.2010.06.005 shu
Citation:  ZHANG En-min, WANG Qi, SHEN Xiao-na, CHEN Chen, YU Dong-zheng and HAI Rong. Study and establishment of database for default coding sequence in Yersinia pestis genome[J]. Disease Surveillance, 2010, 25(6): 436-439. DOI: 10.3784/j.issn.1003-9961.2010.06.005 shu

鼠疫菌基因组"默认编码序列" 数据库的建立与初步研究

    作者简介: 张恩民,男,吉林省人,主要从事鼠疫、炭疽等疾病的预防控制及研究工作;
    通信作者: 海荣, hairong@icdc.cn
摘要: 目的 对8株鼠疫耶尔森菌全基因组间编码序列进行比对,寻找鼠疫菌中最普遍存在的编码序列,建立默认编码序列数据库。 方法 应用Blast软件、Perl编程及Excel软件等,对8株已测序全基因组编码序列进行比对和统计。 结果 建立了默认编码序列数据库,共有4271个编码序列。其中8株鼠疫菌核苷酸(氨基酸)完全一致的编码序列为1176个;对应的编码序列只存在1种默认编码序列的是2465个;存在2种默认编码序列的是630个。 结论 默认编码序列数据库是鼠疫菌中最普遍存在的编码序列集合,为进一步深入研究鼠疫菌的遗传特征提供了可靠信息。

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文章相关
  • 通信作者:  海荣, hairong@icdc.cn
  • 收稿日期:  2010-01-05
  • 刊出日期:  2010-06-30
通信作者: 陈斌, bchen63@163.com
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    沈阳化工大学材料科学与工程学院 沈阳 110142

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