鼠疫菌起始板块编码序列分析

俞东征 王宇萌

引用本文: 俞东征, 王宇萌. 鼠疫菌起始板块编码序列分析[J]. 疾病监测, 2012, 27(7): 508-511. DOI: 10.3784/j.issn.1003-9961.2012.7.003 shu
Citation:  YU Dong-zheng and WANG Yu-meng. Coding sequence analysis of origin tectonics in Yersinia pestis genome[J]. Disease Surveillance, 2012, 27(7): 508-511. DOI: 10.3784/j.issn.1003-9961.2012.7.003 shu

鼠疫菌起始板块编码序列分析

摘要: 目的 验证核糖体结合部位(RBS)定位的可靠性。 方法 选取了鼠疫菌基因组中一个具有特征性的板块,采用传统及RBS方法确定其中含有的编码序列(CDS)数量,比较其一致性,并通过对10株不同来源的鼠疫菌全基因组序列的比较,确定突变发生的位置及对CDS的影响,从而判断RBS基因判定方法的可靠性。 结果 利用RBS定位鼠疫菌起始板块中的蛋白质编码序列,CO92序列在该板块范围内共标注了47个基因的CDS,按本研究的方法可发现74个 CDS,其中与原标注完全相符24个,部分相符8个。发现9个CDS具有多个翻译起点。发现42个新CDS,多编码不足100个氨基酸的短肽。分析了10株鼠疫菌的突变,以判断突变对CDS的影响。在该板块范围内共出现SNP及插入或缺失突变36处,按原CO92基因标注,这些突变对12个CDS发生影响,但按照RBS的标注方法,受到影响的CDS减少至9个,还有3个CDS减轻了影响的程度。 结论 RBS可以成为认定基因确实存在的最重要指标,但目前尚不能取代以马尔科夫模型为基础的基因标注方法。

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  • 收稿日期:  2012-03-14
  • 刊出日期:  2012-07-20
通信作者: 陈斌, bchen63@163.com
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    沈阳化工大学材料科学与工程学院 沈阳 110142

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