基于16S rDNA数据库的细菌在线分类鉴定平台的构建

陈晨 彭珂 王海印 杜鹏程 张雯 张媛媛 于伟文

陈晨, 彭珂, 王海印, 杜鹏程, 张雯, 张媛媛, 于伟文. 基于16S rDNA数据库的细菌在线分类鉴定平台的构建[J]. 疾病监测, 2013, 28(3): 236-240. doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2013.3.019
引用本文: 陈晨, 彭珂, 王海印, 杜鹏程, 张雯, 张媛媛, 于伟文. 基于16S rDNA数据库的细菌在线分类鉴定平台的构建[J]. 疾病监测, 2013, 28(3): 236-240. doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2013.3.019
CHEN Chen, PENG Ke, WANG Hai-yin, DU Peng-cheng, ZHANG Wen, ZHANG Yuan-yuan, YU Wei-wen. An online platform SSUDB: database of bacteria identification and classification with 16S rDNA[J]. Disease Surveillance, 2013, 28(3): 236-240. doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2013.3.019
Citation: CHEN Chen, PENG Ke, WANG Hai-yin, DU Peng-cheng, ZHANG Wen, ZHANG Yuan-yuan, YU Wei-wen. An online platform SSUDB: database of bacteria identification and classification with 16S rDNA[J]. Disease Surveillance, 2013, 28(3): 236-240. doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2013.3.019

基于16S rDNA数据库的细菌在线分类鉴定平台的构建

doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2013.3.019
基金项目: 

国家科技重大专项(No.2011ZX10004-001)

国家自然科学基金(No.81201322)

An online platform SSUDB: database of bacteria identification and classification with 16S rDNA

Funds: 

This study were supported by the fund for National Science and Technoloygy Special Project of AIDS, viral hepatitis and other priority communicable diseases prevention and control in 12th five-year plan (No.2011ZX10004-001) and fund from National Natural Science Foundation of China (No. 81201322)

  • 摘要: 目的 利用且兼并简化现有16S rDNA基础数据库,建立可用于传染病预防控制及感染性疾病的临床诊疗的细菌快速分类的核糖体基因数据库,构建快速鉴定在线分析平台。 方法 收集整理已有的包括RDP、GenBank、SILVA、HOMD等国际公认、公开的16S rDNA数据库,进行整理、筛选和去冗余,重新构建16S rDNA数据库。利用生物信息学构建自动化分析流程,并利用先进的web 2.0、JAVAEE等技术开发设计数据库系统及网站,构建了自动化的在线细菌分类鉴定平台。 结果 通过核酸序列比较,将已公布的1 450 265条16S rDNA序列简化为具有代表性的96 138条序列,并构建了序列数据库。结合序列比较、序列聚类等生物信息方法,建立了基于web的快速检索系统(http://ssu.bioinfo-icdc.org)。 结论 通过构建基于16S rDNA序列的细菌分类鉴定在线分析平台,具有快速、简单、明确的特征,能够对病原菌进行快速、准确的分类学鉴定,有效提高传染病预防控制和感染性疾病临床诊疗中的病原菌鉴定和疫情溯源的速度,为及时实施有效治疗和控制措施赢得时间。
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出版历程
  • 收稿日期:  2012-12-07
  • 刊出日期:  2013-03-20

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