全基因组数据应用于多克隆副溶血弧菌感染暴发的病原学分析

张巍巍 李颖 王群 赵林 冯宝立 蒋会婷 郝帅 李清 张颖 马红梅 逄波

引用本文: 张巍巍, 李颖, 王群, 赵林, 冯宝立, 蒋会婷, 郝帅, 李清, 张颖, 马红梅, 逄波. 全基因组数据应用于多克隆副溶血弧菌感染暴发的病原学分析[J]. 疾病监测. DOI: 10.3784/j.issn.1003-9961.2020.06.013 shu
Citation:  Weiwei Zhang, Ying Li, Qun Wang, Lin Zhao, Baoli Feng, Huiting Jiang, Shuai Hao, Qing Li, Ying Zhang, Hongmei Ma and Bo Pang. Application of whole genome sequencing in etiology investigation of an outbreak of polyclonal Vibrio parahaemolyticus infection[J]. Disease Surveillance. DOI: 10.3784/j.issn.1003-9961.2020.06.013 shu

全基因组数据应用于多克隆副溶血弧菌感染暴发的病原学分析

    作者简介: 张巍巍,女,北京市人,硕士,副主任技师,主要从事病原微生物实验室管理及研究工作,Email:vividzww@163.com;李颖,男,北京市人,本科,主管检验师,主要从事食源性致病菌的检验工作,Email:liying19830805@126.com;王群,女,山东省威海市人,硕士研究生在读,主要从事病原微生物检验工作,Email:18811474997@163.com;赵林,男,山东省青岛市人,硕士,主要从病原微生物检验及生物信息学分析工作,Email:joylin1993@163.com;
    通信作者: 逄波, pangbo@icdc.cn
摘要: 目的应用实时荧光PCR方法和基因组重测序分析等技术对一起副溶血弧菌(VP)导致的腹泻暴发事件进行病原学分析。方法收集暴发事件的病例信息,采集病例样本,使用实时荧光PCR方法筛选常见腹泻致病菌,分离鉴定VP并进行血清型鉴定,检测菌株毒力基因,采用微量肉汤稀释法检测菌株对抗菌药物的敏感性,使用全基因组测序技术进行菌株的遗传学分析。结果9份肛拭子共分离出13株VP菌株,其中O4∶KUT血清型7株(trh–/tdh+),O1∶KUT血清型6株(5株trh+/tdh+,1株trh–/tdh–)。在检测的30种抗菌药物中,所有菌株仅对氨苄西林耐药,对其他29种抗菌药物均敏感。在基于全基因组序列的遗传学分析中,13株VP形成4个相互独立且遗传距离较远的分支,Lineage 1(O4∶KUT、trh–/tdh+,2株)、Lineage 2(O1∶KUT、trh–/tdh–,1株)、Lineage 3(O1∶KUT、trh+/tdh+,5株)和Lineage 4(O4∶KUT、trh–/tdh+,5株),其中3例患者由来源于3个不同遗传分支的VP混合感染。结论本次事件由多血清型、多克隆的VP感染导致,基因组重测序技术在腹泻病暴发的病原分析中有较好的应用前景。

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  • 通信作者:  逄波, pangbo@icdc.cn
  • 收稿日期:  2019-12-31
  • 网络出版日期:  2020-05-27
  • 刊出日期:  2020-06-01
通信作者: 陈斌, bchen63@163.com
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    沈阳化工大学材料科学与工程学院 沈阳 110142

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