纹带棒杆菌PCR检测方法的建立及应用效果评价

邱小彤 陈东科 王雪冰 周海健 李振军

邱小彤, 陈东科, 王雪冰, 周海健, 李振军. 纹带棒杆菌PCR检测方法的建立及应用效果评价[J]. 疾病监测. doi: 10.3784/jbjc.202109220515
引用本文: 邱小彤, 陈东科, 王雪冰, 周海健, 李振军. 纹带棒杆菌PCR检测方法的建立及应用效果评价[J]. 疾病监测. doi: 10.3784/jbjc.202109220515
Qiu Xiaotong, Chen Dongke, Wang Xuebing, Zhou Haijian, Li Zhenjun. Development and Evaluation of the application effect of PCR assay for detection of Corynebacterium striatum[J]. Disease Surveillance. doi: 10.3784/jbjc.202109220515
Citation: Qiu Xiaotong, Chen Dongke, Wang Xuebing, Zhou Haijian, Li Zhenjun. Development and Evaluation of the application effect of PCR assay for detection of Corynebacterium striatum[J]. Disease Surveillance. doi: 10.3784/jbjc.202109220515

纹带棒杆菌PCR检测方法的建立及应用效果评价

doi: 10.3784/jbjc.202109220515
基金项目: 国家重点研发计划(No. 2019YFC1200601);国家自然科学基金(No. 82073624);传染病所自主课题(No. 2017ZZKTB03)
详细信息
    作者简介:

    邱小彤,女,山东省济南市人,硕士,助理研究员,主要从事病原微生物的分子诊断工作,Email: qiuxiaotong@icdc.cn

    通讯作者:

    李振军,Tel:010–58900761,Email: lizhenjun@icdc.cn

  • 中图分类号: R211; R378

Development and Evaluation of the application effect of PCR assay for detection of Corynebacterium striatum

Funds: This study was supported by the National Key R&D Program of China (No. 2019YFC1200601), the National Natural Science Foundation of China (No. 82073624) and the Independent Project of National Institute for Communicable Disease Control and Prevention (No. 2017ZZKTB03)
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  • 摘要:   目的  评价一种快速检测纹带棒杆菌的PCR方法在纹带棒杆菌临床分离株和临床痰标本中的应用效果。  方法  采用针对纹带棒杆菌种特异性基因ftr1设计的PCR引物Cst_1-F/Cst_1-R建立检测纹带棒杆菌的单重PCR方法。 使用纹带棒杆菌标准菌株ATCC6940、ATCC43751、152株纹带棒杆菌临床分离株和30株非纹带棒杆菌菌株验证该方法的有效性,并比较该方法与16S rRNA测序和MALDI-TOF MS鉴定结果的一致性。 对该方法的特异性和敏感性进行评估,最终将该方法用于检测88份临床痰标本。  结果  该PCR方法与16S rRNA测序和MALDI-TOF MS 在鉴定152株纹带棒杆菌临床分离株中具有100%的一致性;该方法对30株非纹带棒杆菌菌株的检测结果均为阴性,检测下限为1 ng模板DNA/反应;在应用于临床痰标本时,该方法与痰涂片镜检相比,具有86.4%(76/88)的一致性。  结论  本研究中的PCR方法具有良好的特异性和敏感性,可替代16S rRNA测序和MALDI-TOF MS成为临床鉴定纹带棒杆菌的便捷、经济、有效的方法,且在检测临床痰标本中的纹带棒杆菌时具有较好的应用效果。
  • 图  1  PCR方法的特异性检测

    注:M. DL 2000 DNA Marker;1~10. 纹带棒杆菌临床分离株;11. 丙酸棒杆菌;12. 模拟棒杆菌;13. 溶血性葡萄球菌;14. 表皮葡萄球菌;15. 肺炎链球菌;16. 大肠埃希菌;17. 肠炎沙门菌;18. 猪链球菌;19. 艰难梭菌;20. 弗氏枸橼酸杆菌;21. 纹带棒杆菌参考菌株ATCC6940;22. 纹带棒杆菌参考菌株ATCC43751;23. 阴性对照

    Figure  1.  Specificity test of the PCR method

    图  2  PCR方法的敏感性检测

    注:M. DL 2000 DNA Marker;1~6. 纹带棒杆菌参考菌株ATCC6940 模板DNA依次为100 ng、10 ng、1 ng、100 pg、10 pg、1 pg;7. 阴性对照

    Figure  2.  Sensitivity test of the PCR method

    图  3  PCR方法应用于88份临床痰标本中纹带棒杆菌的检测

                 注:M. DL 2000 DNA Marker;1~88. 痰标本;P. 阳性对照;N. 阴性对照

    Figure  3.  Detection ofCorynebacterium striatum in 88 clinical sputum specimens using PCR assay

    表  1  本研究所用菌株信息

    Table  1.   Strains used in this study

     菌种名称菌株编号菌株数量
    纹带棒杆菌ATCC6940;
    ATCC43751
    2
    分离株  152
    模拟棒杆菌分离株  1
    丙酸棒杆菌分离株  1
    鲍曼不动杆菌分离株  1
    洋葱伯克霍尔德菌分离株  1
    弗氏枸橼酸杆菌ATCC43864; ATCC80902
    布氏枸橼酸杆菌分离株  1
    杨氏枸橼酸杆菌分离株  1
    艰难梭菌   ATCC BAA-18031
    粪肠球菌分离株  1
    大肠埃希菌ATCC259221
    肺炎克雷伯菌分离株  1
    鼻硬结克雷伯菌分离株  1
    单增李斯特菌EDG-e  1
    摩氏摩根菌分离株  1
    类志贺邻单胞菌分离株  1
    铜绿假单胞菌ATCC154421
    肠炎沙门菌分离株  1
    粘质沙雷菌分离株  1
    痢疾志贺菌分离株  1
    福氏志贺菌分离株  1
    金黄色葡萄球菌分离株  1
    表皮葡萄球菌分离株  1
    溶血性葡萄球菌分离株  1
    牛链球菌分离株  1
    肺炎链球菌ATCC496191
    酿脓链球菌分离株  1
    血链球菌分离株  1
    猪链球菌GZ1   1
    小肠结肠炎耶尔森菌分离株  1
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    表  2  鉴定纹带棒杆菌的PCR引物9

    Table  2.   Primers for Corynebacterium striatum identification

    引物名称引物序列(5'~3')目标基因片段长度
    (bp)
    Cst_1-FCTTCGAAGAACATGAAGGCAftr1226
    Cst_1-RCCGTAGTACATCGCTACGGC
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出版历程
  • 收稿日期:  2021-09-22
  • 录用日期:  2022-01-20
  • 网络出版日期:  2022-01-20

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