2022年9月云南省镇康县一起新型冠状病毒感染疫情溯源分析

张美玲 周洁楠 陈瑶瑶 孙艳红 刘照生 赵晓南 伏晓庆

张美玲, 周洁楠, 陈瑶瑶, 孙艳红, 刘照生, 赵晓南, 伏晓庆. 2022年9月云南省镇康县一起新型冠状病毒感染疫情溯源分析[J]. 疾病监测, 2023, 38(4): 493-499. doi: 10.3784/jbjc.202212140531
引用本文: 张美玲, 周洁楠, 陈瑶瑶, 孙艳红, 刘照生, 赵晓南, 伏晓庆. 2022年9月云南省镇康县一起新型冠状病毒感染疫情溯源分析[J]. 疾病监测, 2023, 38(4): 493-499. doi: 10.3784/jbjc.202212140531
Zhang Meiling, Zhou Jienan, Chen Yaoyao, Sun Yanhong, Liu Zhaosheng, Zhao Xiaonan, Fu Xiaoqing. Infection source of COVID-19 epidemic in Zhenkang, Yunnan, September 2022[J]. Disease Surveillance, 2023, 38(4): 493-499. doi: 10.3784/jbjc.202212140531
Citation: Zhang Meiling, Zhou Jienan, Chen Yaoyao, Sun Yanhong, Liu Zhaosheng, Zhao Xiaonan, Fu Xiaoqing. Infection source of COVID-19 epidemic in Zhenkang, Yunnan, September 2022[J]. Disease Surveillance, 2023, 38(4): 493-499. doi: 10.3784/jbjc.202212140531

2022年9月云南省镇康县一起新型冠状病毒感染疫情溯源分析

doi: 10.3784/jbjc.202212140531
详细信息
    作者简介:

    张美玲,女,云南省昆明市人,硕士,主管技师,主要从事病毒分子检测和基因组学研究工作

    通讯作者:

    张美玲,Tel:0871−63632033,Email:meilingz2011@163.com

    伏晓庆,Tel:0871−63632033,Email:fxq_05@163.com

  • 中图分类号: R211; R511

Infection source of COVID-19 epidemic in Zhenkang, Yunnan, September 2022

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  • 摘要:   目的  调查2022年9月云南省镇康县新型冠状病毒感染本土疫情的感染来源和病毒变异情况。  方法  收集疫情期间采集的9例本土病例和3例境外病例的标本进行新型冠状病毒(SARS-CoV-2)全基因组测序。 通过基因组学分析,结合流行病学调查内容,明确病毒基因组变异情况及感染来源。  结果  来自9例本土病例的病毒株属Omicron变异株BA.5.2和BA.5.2.20进化分支,形成独立的两条传播链,均与境外病例病毒株基因组序列高度同源。 结合流行病学调查,提示可能与直接或间接接触境外病毒感染病例有关。 BA.5.2和BA.5.20基因型毒株基因组序列共享53个氨基酸错义突变和11个氨基酸缺失突变,各自具备其代表性氨基酸突变位点。 在S蛋白上均发现HV69~70del、L452R、T478K、R493Q回复突变、F486V等可能影响病毒传播力和免疫逃逸能力的关键性变异位点。 同时研究发现,S:K147T、S:M1237V、ORF1a:M85del等其他特征性突变位点,其功能作用值得进一步研究。  结论  本次疫情有2个境外病毒感染源,提示云南省边境地区疫情的复杂性和长期性。 因此,边境地区仍要提高监测预警敏感性,不断有方向性地追踪病毒变异动态,以期提高SARS-CoV-2感染防控工作的科学性和精准性。
  • 图  1  镇康县疫情本土病例传播关系图

    Figure  1.  Transmission chains in local COVID-19 epidemic in Zhenkang

    图  2  9例本土和3例境外病例毒株的基因组序列解析

    注:UTR. 非翻译区;ORF. 开放阅读框;S. 刺突蛋白;E. 包膜蛋白;M. 膜蛋白;Intergenic. 基因间隔区;N. 核衣壳蛋白;. 表示核苷酸未突变或氨基酸的同义突变;-. 核苷酸或氨基酸的缺失突变

    Figure  2.  Analysis on SARS-CoV-2 genome sequences from 9 local cases and 3 imported cases

    图  3  9例本土和3例境外病例毒株的基因组序列最大似然树分析

    注:红色为本研究中的本土病例和境外病例病毒序列;黄色为GISAID数据库下载的缅甸毒株序列;蓝色为缅甸输入病例病毒序列;灰色为我国云南省临沧市其他本土疫情病例病毒序列;绿色为我国云南省其他州市本土疫情病例病毒序列;黑色为参考序列

    Figure  3.  Maximum likelihood tree analysis on SARS-CoV-2 genomes from 9 local cases and 3 imported cases

    表  1  镇康县疫情本土病例基本信息

    Table  1.   Basic information of local cases in COVID-19 epidemic in Zhenkang

    病例编号性别年龄(岁)职业确诊日期(月-日)发现方式感染来源
    1 女性 13 学生 09−21 主动就诊 可能来自境外
    2 女性 46 校医 09−22 集中隔离点筛查 病例1的校内密接者
    3 男性 30 广告公司工人 09−22 社区筛查 可能为其他境外感染来源
    4 男性 16 学生 09−23 集中隔离点筛查 病例1的校内密接者
    5 女性 18 学生 09−23 集中隔离点筛查 病例1的校内密接者
    6 男性 13 学生 09−23 集中隔离点筛查 病例1的校内密接者
    7 女性 41 农村客运司机 09−23 集中隔离点筛查 病例1的家庭密接者
    8 女性 42 校医 09−23 集中隔离点筛查 病例1的校内密接者
    9 男性 14 学生 09−23 集中隔离点筛查 病例1的校内密接者
    10 男性 4 幼托儿童 09−25 集中隔离点筛查 病例1的家庭密接者
    11 男性 64 农民 09−26 集中隔离点筛查 病例1的家庭密接者
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    表  2  12例新型冠状病毒感染病例的病毒基因组概况

    Table  2.   SARS-CoV-2 genomes from 12 COVID-19 cases

    病毒来源病例毒株基因组编号基因组覆盖度 (%)Pangolin分型核苷酸突变位点数缺失突变位点数
    病例1 SARS-CoV-2-LCZK202201 99.44 BA.5.2 80 33
    病例2 SARS-CoV-2-LCZK202202 99.52 BA.5.2 80 33
    病例4 SARS-CoV-2-LCZK202204 99.65 BA.5.2 80 33
    病例5 SARS-CoV-2-LCZK202205 99.12 BA.5.2 80 33
    病例6 SARS-CoV-2-LCZK202206 99.27 BA.5.2 80 33
    病例7 SARS-CoV-2-LCZK202207 99.24 BA.5.2 80 33
    病例8 SARS-CoV-2-LCZK202208 99.26 BA.5.2 80 33
    病例9 SARS-CoV-2-LCZK202209 99.13 BA.5.2 80 33
    境外病例1 SARS-CoV-2-LCZKJW202201 99.35 BA.5.2 80 33
    境外病例2 SARS-CoV-2-LCZKJW202202 99.26 BA.5.2 80 33
    病例3 SARS-CoV-2-LCZK202203 99.23 BA.5.2.20 80 36
    境外病例3 SARS-CoV-2-LCZKJW202203 99.47 BA.5.2.20 80 33
    注:缺失突变未纳入核苷酸突变位点数计算
    下载: 导出CSV
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出版历程
  • 收稿日期:  2022-12-14
  • 网络出版日期:  2023-04-17
  • 刊出日期:  2023-04-30

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