2015-2019年四川省布鲁氏菌多位点可变数目串联重复序列基因分型研究

李文博 周汉洪 闫国栋 胡馨月 罗春花 田国忠 杨小蓉 曾林子 廖虹瑜 祁腾 姜海

李文博, 周汉洪, 闫国栋, 胡馨月, 罗春花, 田国忠, 杨小蓉, 曾林子, 廖虹瑜, 祁腾, 姜海. 2015-2019年四川省布鲁氏菌多位点可变数目串联重复序列基因分型研究[J]. 疾病监测.
引用本文: 李文博, 周汉洪, 闫国栋, 胡馨月, 罗春花, 田国忠, 杨小蓉, 曾林子, 廖虹瑜, 祁腾, 姜海. 2015-2019年四川省布鲁氏菌多位点可变数目串联重复序列基因分型研究[J]. 疾病监测.
Li Wenbo, Zhou Hanhong, Yan Guodong, Hu Xinyue, Luo Chunhua, Tian Guozhong, Yang Xiaorong, Zeng Linzi, Liao Hongyu, Qi Teng, Jiang Hai. Multiple locus variable-number tandem repeat analysis on Brucella isolated in Sichuan, 2015–2019[J]. Disease Surveillance.
Citation: Li Wenbo, Zhou Hanhong, Yan Guodong, Hu Xinyue, Luo Chunhua, Tian Guozhong, Yang Xiaorong, Zeng Linzi, Liao Hongyu, Qi Teng, Jiang Hai. Multiple locus variable-number tandem repeat analysis on Brucella isolated in Sichuan, 2015–2019[J]. Disease Surveillance.

2015-2019年四川省布鲁氏菌多位点可变数目串联重复序列基因分型研究

基金项目: 四川省科技计划项目(No. 2020YFS0581)
详细信息
    作者简介:

    李文博,女,山东省济南市人,硕士,助理研究员,主要从事自然疫源性疾病检验与研究工作,Email:liwenbo14@mails.ucas.ac.cn,李文博和周汉洪同为第一作者

    周汉洪,男,四川省达州市人,本科,主管技师,主要从事微生物检验工作,Email:510863375@qq.com

    通讯作者:

    姜海,Tel:010-58900767,Email:jianghai@icdc.cn

  • 中图分类号: R211; R516.7

Multiple locus variable-number tandem repeat analysis on Brucella isolated in Sichuan, 2015–2019

Funds: This study was supported by the fund for the Science and Technology Department Project of Sichuan Province (No. 2020YFS0581)
More Information
  • 摘要:   目的  使用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)对四川省2015 — 2019年人间布鲁氏菌病(布病)分离菌株进行分型研究,为当地人间布病防控工作提供参考。  方法  选用MLVA-16方法对四川省布鲁氏菌株进行分型实验,通过在线数据库对比MLVA-8型别,利用Bio Numerics对MLVA-16位点重复数进行聚类分析。  结果  四川省布鲁氏菌株被分为29个MLVA-16基因型,遗传相似度在74.6%~100.0%,具有42、43、83共3个MLVA-8型,三者均起源于东地中海群,42型为主要MLVA-8基因型。MLVA-8方法分辨率为0.356,MLVA-16分辨力为0.991,其中Bruce04、Bruce16及Bruce30位点分辨力较高,可采用MLVA-16方法作为本地暴发调查和散发疫情监测手段。  结论  四川省主要流行株为42型(MLVA-8型别)羊种布鲁氏菌,与全国流行株一致,提示该省布病疫情与北方疫情存在关联。本研究首次将四川省布鲁氏菌进行MLVA分型,利用其构建的数据库将对四川省未来的布病监测及分子溯源工作提供基础数据支持。
  • 图  1  四川省布鲁氏菌分离株MLVA-16聚类分析

    Figure  1.  Cluster analysis by MLVA-16 genotyping of the Brucella strains in Sichuan, 2015-2019e

    表  1  实验所用菌株信息

    Table  1.   Information of strains used in study

    分离地点数量(株)分离时间分离地点数量(株)分离时间
    巴中市22017-2019成都市32019
    达州市72015-2016甘孜州12016
    乐山市22019泸州市42018-2019
    绵阳市32017-2019内江市32017-2019
    遂宁市22017-2019自贡市62017-2019
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    表  2  MLVA-16各位点对四川省布鲁氏菌株分辨率

    Table  2.   Simpson's index of MLVA-16 loci for Brucella strains

    位点分辨率型别数Max(pi)a位点分辨率型别数Max(pi)a
    Bruce06011Bruce040.80170.273
    Bruce08011Bruce070.11420.939
    Bruce11011Bruce090.45570.727
    Bruce120.05920.970Bruce160.68150.485
    Bruce420.29820.818Bruce18011
    Bruce43011Bruce190.05920.970
    Bruce45011Bruce21011
    Bruce55011Bruce300.67240.454
    MLVA-80.35630.788MLVA-160.991290.091
      注:a 频率最高的型别占比
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  • 收稿日期:  2021-04-01

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