2019年冬季青岛市手足口病患者感染柯萨奇病毒A组16型基因特征分析

姜法春 赵超 董鸿铭 贾静 王霞 王衍海 高晨 韩俊

姜法春, 赵超, 董鸿铭, 贾静, 王霞, 王衍海, 高晨, 韩俊. 2019年冬季青岛市手足口病患者感染柯萨奇病毒A组16型基因特征分析[J]. 疾病监测, 2022, 37(6): 755-759. doi: 10.3784/jbjc.202111100577
引用本文: 姜法春, 赵超, 董鸿铭, 贾静, 王霞, 王衍海, 高晨, 韩俊. 2019年冬季青岛市手足口病患者感染柯萨奇病毒A组16型基因特征分析[J]. 疾病监测, 2022, 37(6): 755-759. doi: 10.3784/jbjc.202111100577
Jiang Fachun, Zhao Chao, Dong Hongming, Jia Jing, Wang Xia, Wang Yanhai, Gao Chen, Han Jun. Genetic characteristics of Coxsackievirus A16 isolated from hand foot and mouth disease cases in Qingdao in winter of 2019[J]. Disease Surveillance, 2022, 37(6): 755-759. doi: 10.3784/jbjc.202111100577
Citation: Jiang Fachun, Zhao Chao, Dong Hongming, Jia Jing, Wang Xia, Wang Yanhai, Gao Chen, Han Jun. Genetic characteristics of Coxsackievirus A16 isolated from hand foot and mouth disease cases in Qingdao in winter of 2019[J]. Disease Surveillance, 2022, 37(6): 755-759. doi: 10.3784/jbjc.202111100577

2019年冬季青岛市手足口病患者感染柯萨奇病毒A组16型基因特征分析

doi: 10.3784/jbjc.202111100577
基金项目: 国家重大专项(No.2018ZX10102001, No. 2018ZX10711001, No.2018ZX10734404);国家病原微生物资源库(No.NPRC-32);传染病预防控制国家重点实验室发展基金(No.2011SKLID104)
详细信息
    作者简介:

    姜法春,男,山东省青岛市人,副主任医师,主要从事青岛市疾病预防控制工作,Email:jfch88@126.com

    赵超,男,山西省长治市人,硕士研究生,主要从事肠道病毒研究,Email:1986530517@qq.com

    董鸿铭,男,内蒙古自治区通辽市人,硕士研究生,主要从事呼吸道病毒研究,Email:2589864946@qq.com

    通讯作者:

    高晨,Tel:13552233803,Email:chenchengao@Hotmail.com

    韩俊,Tel:13381210388,Email:hanjun@163.com

  • 中图分类号: R211; 183.3

Genetic characteristics of Coxsackievirus A16 isolated from hand foot and mouth disease cases in Qingdao in winter of 2019

Funds: This study was supported by the China Mega-Project for Infectious Disease (No. 2018ZX10102001, No.2018ZX10711001, No.2018ZX10734404), National Pathogen Resource Center (No.NPRC-32) and the SKLID Development Grant (No.2011SKLID104)
More Information
  • 摘要:   目的  调查2019年冬季青岛市妇幼医院和中心医院手足口病(HFMD)住院患儿病原感染情况,分析柯萨奇病毒A组16型(Cox A16)基因进化特征。  方法  收集2019年冬季青岛地区HFMD住院患儿104份咽拭子,采用实时荧光定量PCR进行肠道病毒核酸检测。 使用肠道病毒通用分型引物扩增阳性样本,扩增序列测序后进行Blast比对。 设计Cox A16 VP1全长引物,通过半巢式PCR扩增测序,使用DNAStar进行核苷酸和氨基酸的基因分析,使用MEGA软件构建进化树。  结果   HFMD住院患儿的咽拭子样本肠道病毒总体阳性率为57.7%(60/104)。 其中Cox A16阳性率为30.8%(32/104),Cox A6阳性率为26.9%(28/104)。 对32份Cox A16阳性的样本进行VP1区全长扩增、测序并进行比对和同源性分析,其核苷酸同源性为87.0%~100%,氨基酸同源性为98.3%~100%。 系统进化分析表明,32株Cox A16中有17株为Cox A16 B1a基因型,另外15株为Cox A16 B1b基因型。  结论  引起2019年冬季青岛地区住院HFMD的病原体之一是Cox A16,且同时流行Cox A16的B1a和B1b型。
  • 图  1  柯萨奇病毒A组16型VP1基因核苷酸序列同源性分析

    注:1~32. 分别代表图片右侧相对应的样本编号;33.表示Cox A16原型株

    Figure  1.  Homology analysis on Cox A16 VP1 gene nucleotide sequence

    图  2  柯萨奇病毒A组16型VP1基因氨基酸序列同源性分析

    注:1~32. 分别代表图片右侧相对应的样本编号;33. 表示Cox A16原型株

    Figure  2.  Homology analysis on Cox A16 VP1 gene amino acid sequence

    图  3  青岛地区手足口病住院患者柯萨奇病毒A组16型基于VP1基因的系统进化树分析

    注:JPN. 日本,Kor. 韩国,CHN. 中国;SD. 山东,HN.河南 ,SH. 上海,GD广东,TW. 中国台湾,HK. 中国香港;●. 原型株,◆. 青岛Cox A16株

    Figure  3.  VP1 gene based phylogenetic tree analysis on Cox A16 from HFMD inpatients in Qingdao

    表  1  实验中所用的PCR引物

    Table  1.   PCR primers in this study

     病毒名称引物名称扩增片段区域引物序列(5'~3')目的片段大小(bp)
    肠道病毒实时PCR
    EV-F   5′UTRCCCTGAATGCGGCTAATCC 146
    EV-R   5′UTRATTGTCACCATAAGCAGCCA
    EV-probe   5′UTRFAM-AACCGACTACTTTGGGTGTCCGTGTTTC-TAM
    半巢式PCR
    224   VP3GCIATGYTIGGIACICAYRT 745
    222   VP1CICCIGGIGGIAYRWACAT
    AN89   VP1CCAGCACTGACAGCAGYNGARAYNGG 351
    AN88   VP1TACTGGACCACCTGGNGGNAYRWACAT
    Cox A16半巢式PCR
    Cox A16-VP1-F1   VP3AGGTACTACACCCAGTGGTCAG1110
    Cox A16-VP1-F2   VP3ATTGGTGCTCCCACTACAGC
    Cox A16-VP1-R   2AGCTGTCCTCCCACACAAGAT
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出版历程
  • 收稿日期:  2021-11-10
  • 网络出版日期:  2022-03-09
  • 刊出日期:  2022-07-14

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