2018-2019年北京市西城区6起学校急性胃肠炎聚集性疫情的GⅠ诺如病毒病原鉴定与溯源研究

王永全 崔海洋 吉彦莉 靳博 李伟红 刘白薇 沈玲羽 高志勇 严寒秋

王永全, 崔海洋, 吉彦莉, 靳博, 李伟红, 刘白薇, 沈玲羽, 高志勇, 严寒秋. 2018-2019年北京市西城区6起学校急性胃肠炎聚集性疫情的GⅠ诺如病毒病原鉴定与溯源研究[J]. 疾病监测, 2022, 37(6): 769-776. doi: 10.3784/jbjc.202203020081
引用本文: 王永全, 崔海洋, 吉彦莉, 靳博, 李伟红, 刘白薇, 沈玲羽, 高志勇, 严寒秋. 2018-2019年北京市西城区6起学校急性胃肠炎聚集性疫情的GⅠ诺如病毒病原鉴定与溯源研究[J]. 疾病监测, 2022, 37(6): 769-776. doi: 10.3784/jbjc.202203020081
Wang Yongquan, Cui Haiyang, Ji Yanli, Jin Bo, Li Weihong, Liu Baiwei, Shen Lingyu, Gao Zhiyong, Yan Hanqiu. Identification and tracing of norovirus GⅠ in epidemics of acute gastroenteritis in 6 schools in Xicheng district, Beijing, 2018−2019[J]. Disease Surveillance, 2022, 37(6): 769-776. doi: 10.3784/jbjc.202203020081
Citation: Wang Yongquan, Cui Haiyang, Ji Yanli, Jin Bo, Li Weihong, Liu Baiwei, Shen Lingyu, Gao Zhiyong, Yan Hanqiu. Identification and tracing of norovirus GⅠ in epidemics of acute gastroenteritis in 6 schools in Xicheng district, Beijing, 2018−2019[J]. Disease Surveillance, 2022, 37(6): 769-776. doi: 10.3784/jbjc.202203020081

2018-2019年北京市西城区6起学校急性胃肠炎聚集性疫情的GⅠ诺如病毒病原鉴定与溯源研究

doi: 10.3784/jbjc.202203020081
基金项目: 首都卫生发展科研专项(No. 2020-2-1011)
详细信息
    作者简介:

    王永全,男,北京市人,本科,副主任技师,主要从事病原微生物检验工作,Email:wangyq0730@ sina. com

    通讯作者:

    严寒秋, Tel: 010–64407114, Email: 13671113791@163.com

  • 中图分类号: R211; R511; R373.9

Identification and tracing of norovirus GⅠ in epidemics of acute gastroenteritis in 6 schools in Xicheng district, Beijing, 2018−2019

Funds: The study was supported by the Capital’s Fund for Health Improvement and Research (No. 2020-2-1011)
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  • 摘要:   目的  分析2018—2019年北京市西城区6所学校发生的急性胃肠炎疫情GⅠ诺如病毒的基因型别特征。   方法   收集2018—2019年西城区6所学校急性胃肠炎病例的粪便标本37份。 采用实时荧光定量反转录聚合酶链式反应(real-time RT-PCR)对提取的GⅠ和GⅡ诺如病毒核酸进行检测。 采用RT-PCR进行GⅠ诺如病毒聚合酶区和衣壳蛋白VP1区部分片段的扩增和测序。 用诺如病毒在线分型工具对测序成功的毒株进行初步鉴定和基因分型,用BioEdit 7.0.9.0软件进行序列比对,用MEGA 6.06 软件构建进化树。  结果   6所学校(18,S1~S4和19,S5~S6)发生的诺如病毒急性胃肠炎疫情均为聚集性疫情,GⅠ诺如病毒核酸阳性率为83.78%(31/37),GⅡ诺如病毒未检出;聚合酶区和衣壳蛋白VP1区进化分析分别显示,1起疫情的4株诺如病毒毒株分别与GⅠ.Pd参考株和GⅠ.3b参考株在同一分支,5起疫情的19株诺如病毒毒株与GⅠ.Pb参考株和GⅠ.6a参考株在同一分支;每所学校毒株相似性为100.0%。双区分型合并结果,1起疫情由GⅠ.Pd-GⅠ.3b引起,该重组株与GⅠ.3[P13]/Hu/MT008455/2018/Shanghai/CHI相似性高达99.6%;5起疫情由GⅠ.Pb-GⅠ.6a引起, 这重组株与GⅠ.6[P11]/Hu/MZ227264/2016/US相似性高达98.1%。  结论   2018—2019年北京市西城区6所学校诺如病毒急性胃肠炎聚集性疫情分别由GⅠ.Pd-GⅠ.3b和GⅠ.Pb-GⅠ.6a重组株引起。 应加强对诺如病毒重组株分子流行病学监测,为诺如病毒疫情提供预警预测的依据。
  • 图  1  诺如病毒G毒株聚合酶区基因(265 bp)进化分析

    注:●.18 S1毒株,■.18 S2毒株,▼.18 S3毒株,○.18 S4毒株,◆.19 S5毒株,▲.19 S6毒株

    Figure  1.  Phylogenetic analysis based on partial RdRp region sequences (265 bp) of norovirus G strains in 6 schools in Xicheng district in Beijing, 2018−2019

    图  2  诺如病毒G毒株衣壳蛋白VP1区基因(291 bp)进化分析

    注:●.18 S1毒株,■.18 S2毒株,▼.18 S3毒株,○.18 S4毒株,◆.19 S5毒株,▲.19 S6毒株

    Figure  2.  Phylogenetic analysis based on partial capsid proteins VP1 region sequences (291 bp) of norovirus G strains in 6 schools in Xicheng district of Beijing, 2018−2019

    图  3  诺如病毒G毒株聚合酶区衣壳蛋白VP1区基因(540 bp)进化分析

    注:●.18 S1毒株,■.18 S2毒株,▼.18 S3毒株,○.18 S4毒株,◆.19 S5毒株,▲.19 S6毒株

    Figure  3.  Phylogenetic analysis based on partial RdRp and capsid proteins VP1 region sequences (540 bp) of norovirus G strains in 6 Schools in Xicheng district of Beijing, 2018−2019

    表  1  诺如病毒急性胃肠炎疫情检测结果概况

    Table  1.   Test results of epidemics of acute gastroenteritis caused by norovirus

    学校(类型)疫情发生时间
    (年/月/天数)
    临床诊断
    病例数
    罹患率
    [%( n/N)]
    采集样本
    件数
    实时荧光RT-PCR
    阳性率
    [%( n/N)]
    诺如病毒双区基因分型结果
    在线分型进化分型毒株数
    18 S1(小学)2018/03/3618.18(6/33)4100.00(4/4)GⅠ.Pd-GⅠ.3GⅠ.Pd-GⅠ.3b 4
    18 S2(小学)2018/11/21123.91(11/46)771.43(5/7)GⅠ.Pb-GⅠ.6GⅠ.Pb-GⅠ.6a 5
    18 S3(中学)2018/11/7114.56(11/241)666.67(4/6)GⅠ.Pb-GⅠ.6GⅠ.Pb-GⅠ.6a 2
    18 S4(小学)2018/12/41531.91(15/47)5100.00(5/5)GⅠ.Pb-GⅠ.6GⅠ.Pb-GⅠ.6a 5
    19 S5(小学)2019/03/7510.20(5/49)475.00(3/4)GⅠ.Pb-GⅠ.6GⅠ.Pb-GⅠ.6a 2
    19 S6(小学)2019/03/51411.57(14/121)1190.91(10/11)GⅠ.Pb-GⅠ.6GⅠ.Pb-GⅠ.6a 5
      合计6211.55(62/537)3783.78(31/37)2种重组株23
    注:毒株数为样本测序成功的毒株数量;RT-PCR. 反转录聚合酶链式反应
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出版历程
  • 收稿日期:  2022-03-02
  • 网络出版日期:  2022-06-02
  • 刊出日期:  2022-07-14

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