2014-2018年浙江省江山市中老年HIV/AIDS的HIV-1亚型和分子簇特征研究
陈旭富, 游佳玲, 张佳峰, 范钦, 姚佳明, 吕磊, 王炜, 王萍, 吴奇
2020,35(8) .
目的 了解浙江省江山市中老年人类免疫缺陷病毒感染者和艾滋病患者(HIV/AIDS)的HIV亚型分布情况和分子传播簇特征,为该市HIV流行趋势分析和疫情防控提供技术支持。 方法 对江山市2014 — 2018年新诊断的中老年HIV/AIDS开展分子流行病学研究,从94例感染者(含3例暗娼)血浆中提取RNA,通过反转录–聚合酶链式反应和巢式PCR扩增 pol区基因并进行核酸测序,运用MEGA 6.0软件构建Neighbor-Joining系统进化树分析亚型,利用Cytoscape 3.6.0软件对遗传距离≤0.01的序列构建HIV分子簇。 结果 HIV毒株序列成功获得率为86.2%(81/94),毒株亚型以CRF01_AE为主(93.8%,76/81),其余分别为CRF07_BC型3例(3.7%)和B亚型2例(2.5%);共发现3个分子传播簇,均由CRF01_AE亚型构成,总成簇比例为84.0%(68/81),大簇包含64例病例(含1例阳性暗娼),2个小簇均由2例病例组成。 结论 江山市中老年HIV/AIDS亚型以CRF01_AE为主且种类较为单一,存在与阳性暗娼紧密关联的传播簇,应加强对簇内病例的流行病学调查,以便实施有针对性的公共卫生干预。
关键词: 人类免疫缺陷病毒, 毒株亚型, 分子传播簇
浙江省衢州市首例输入性基孔肯雅热病毒基因特征分析
杨瑞军, 王晓光, 黄世腾, 占炳东, 曹国平, 吕磊, 雷永良
2018,33(10) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2018.10.019
目的 对1例有孟加拉国旅行史的基孔肯雅热病例进行病毒基因特征分析。 方法 采集患者血清,采用实时荧光定量PCR(real-time PCR)检测基孔肯雅热病毒(CHIKV)和登革热病毒核酸,反转录PCR(RT-PCR)扩增CHIKV结构基因C-E3-E2-6K-E1片段并测序,计算机软件分析处理基因序列。 结果 患者血清real-time PCR检测为CHIKV核酸阳性,病毒株编号为QZ0823。 对病毒株QZ0823病毒进行测序拼接后共获得CHIKV 5个结构基因全长,包含3 747 bp核苷酸序列,编码1 248个氨基酸,与参考序列核苷酸和氨基酸同源性分别为98.9% ~ 99.9%和99.0% ~ 99.9%,对E1和C-E3-E2-6K-E1核苷酸进行系统进化分析,病毒株QZ0823株与孟加拉国、印度、巴基斯坦的东中南非洲遗传谱系流行株进化关系最近。 结论 来自病例的CHIKV病毒株QZ0823属于东中南非洲遗传谱系,该病例为输入性病例。
关键词: 基孔肯雅热病毒, 输入性病例, 检测, 溯源, 序列分析
2013-2018年浙江省衢州地区外环境禽流感病毒监测分析
黄世腾, 杨瑞军, 吕磊, 陈旭富, 万圣
2019,34(9) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2019.09.013
目的了解浙江省衢州地区外环境禽流感病毒流行特征,为该地区人禽流感疫情的防控和预测预警提供科学依据。方法采集2013 — 2018年衢州地区外环境禽流感监测标本,采用实时荧光反转录–聚合酶链式反应方法对采集的外环境标本进行禽流感病毒核酸检测,并进行统计学分析。结果2013 — 2018年共采集禽流感外环境标本5 290份,检出流感病毒A型(FluA)阳性标本1 809份,阳性率为34.20%;其中以H9亚型和A型未分型为主,分别占44.50%和29.13%。 开化县检出阳性率最高(54.85%),龙游县最低(17.25%)。 5类场所中,城乡活禽市场检出阳性率最高(45.94%)。 6种类型标本中,宰杀或摆放禽肉案板表面的擦拭标本检出阳性率最高(58.96%)。第一季度(38.06%)和第四季度(37.23%)检出阳性率较高。 不同时间、地区、场所、标本类型的标本阳性检出率差异均具有统计学意义(P<0.001)。结论衢州地区外环境中存在多种亚型及混合型禽流感病毒,应加强外环境禽流感监测力度,同时采取有效的防控措施降低人群感染的风险。
关键词: 禽流感病毒, 外环境, 监测, 实时荧光反转录–聚合酶链式反应

在线交流