内蒙古鼠疫耶尔森菌差异区段分型特征研究
蒋羽, 李建云, 梁莹, 蔡虹, 彭遥, 王宇萌, 刘芳, 徐冬蕾, 王姝懿, 张志凯, 海荣, 张忠兵, 李伟, 范蒙光
2016,31(5) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2016.05.013
目的 研究分离自内蒙古不同鼠疫疫源地、不同宿主和媒介的鼠疫耶尔森菌的差异区段基因型分布特征。方法 选取内蒙古3个鼠疫疫源地分离的鼠疫耶尔森菌307株,采用差异区段分析法,设计24对引物进行DFR位点扩增分型,用BioNumerics软件分析。结果 通过差异区段分型方法共发现13种基因型,其中5种基因型(Gnm1~Gnm5)为本研究首次报道。长爪沙鼠疫源地有9种基因型,主要基因型为G11(71.8%,122/170);达乌尔黄鼠疫源地有6种基因型,主要为G10(44.1%,41/93)和G11(35.5%,33/93);布氏田鼠疫源地有4种基因型,主要为G14(90.9%,40/44)。3个疫源地均分布有G11型。结论 内蒙古鼠疫耶尔森菌差异区段基因型分布具有明显的地理分布特征,对分析内蒙古鼠疫的传播和遗传演变具有重要的分子流行病学意义。
关键词: 鼠疫耶尔森菌, 内蒙古, 差异区段分型, 分子流行病学
鼠疫菌起始板块编码序列分析
俞东征, 王宇萌
2012,27(7) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2012.7.003
目的 验证核糖体结合部位(RBS)定位的可靠性。 方法 选取了鼠疫菌基因组中一个具有特征性的板块,采用传统及RBS方法确定其中含有的编码序列(CDS)数量,比较其一致性,并通过对10株不同来源的鼠疫菌全基因组序列的比较,确定突变发生的位置及对CDS的影响,从而判断RBS基因判定方法的可靠性。 结果 利用RBS定位鼠疫菌起始板块中的蛋白质编码序列,CO92序列在该板块范围内共标注了47个基因的CDS,按本研究的方法可发现74个 CDS,其中与原标注完全相符24个,部分相符8个。发现9个CDS具有多个翻译起点。发现42个新CDS,多编码不足100个氨基酸的短肽。分析了10株鼠疫菌的突变,以判断突变对CDS的影响。在该板块范围内共出现SNP及插入或缺失突变36处,按原CO92基因标注,这些突变对12个CDS发生影响,但按照RBS的标注方法,受到影响的CDS减少至9个,还有3个CDS减轻了影响的程度。 结论 RBS可以成为认定基因确实存在的最重要指标,但目前尚不能取代以马尔科夫模型为基础的基因标注方法。
关键词: 核糖体结合部位, 编码序列, 板块, 突变

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