儿童脑膜炎大肠埃希菌毒力基因ibeC的分布研究
刘莎, 金东, 王艺婷, 王怡婷, 杨晶, 周娟, 许彦梅, 白向宁, 濮吉, 兰瑞廷, 熊衍文, 徐建国
2015,30(5) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2015.05.009
目的 对GenBank的1620株大肠埃希菌基因组中儿童脑膜炎大肠埃希菌毒力基因ibeC的分布进行研究. 方法 下载GenBank现存并公开释放的1620株大肠埃希菌基因组数据,构建数据库,通过序列比对程序BLAST查找分析各菌株携带ibeC情况,使用Clustal X1.83软件对大肠埃希菌代表菌株的ibeC基因序列进行多序列比对.同时应用多位点序列分型方法(multi locus sequence typing, MLST)对1620株大肠埃希菌菌株的分布特点进行分析.用BioNumerics V4.0软件,对342株不同来源、不同致病性代表菌株及MLST数据库中已经明确分群的72株大肠埃希菌菌株的不同ST型别构建最小生成树,分析菌株之间的种群结构. 结果 1620株大肠埃希菌基因组中全部携带ibeC基因,ibeC序列平均相似值为98.21%,MLST将1620株大肠埃希菌菌株分成261个已知ST型,ECOR菌株共有49个ST型别,菌株ST型别与菌株来源关联性不强,不同来源、不同致病型别的菌株分布在不同家系. 结论 ibeC基因广泛分布在各类大肠埃希菌中,脑膜炎相关大肠埃希菌与其他致病型大肠埃希菌所携带ibeC基因差异微小,菌株MLST聚类分析显示所有菌株分布广泛,来源复杂,进一步说明ibeC基因非常保守.
关键词: ibeC, 基因分布, 大肠埃希菌, 多位点序列分型方法
北京地区腹泻就诊患者中肠致病性大肠埃希菌分离株特征分析
高翔, 赵红庆, 甄博珺, 张兰荣, 张冲, 邹林, 李洪军, 赵爱兰, 王宝兰, 刘晓峰, 熊衍文
2013,28(5) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2013.5.005
目的 分析北京市通州区腹泻就诊患者中肠致病性大肠埃希菌(EPEC)分离株的特征。 方法 eaeA基因聚合酶链反应(PCR)扩增阳性的菌株,进行系统生化鉴定、EPEC诊断血清分型、bfpA基因PCR扩增以及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析。 结果 20株成年人腹泻患者EPEC分离株中,仅1株鉴定为O126血清群;4株儿童腹泻患者分离株中,仅1株鉴定为O26血清群。儿童与成年人腹泻患者EPEC分离株bfpA基因均为阴性。23株EPEC菌株的PFGE带型呈高度多态性,聚类图显示与患者年龄及性别无明显相关。 结论 北京市通州区腹泻患者EPEC分离株以非典型为主,单纯通过血清群来诊断EPEC的方法,将会造成极大的漏诊。
关键词: 感染性腹泻, 致泻性大肠埃希菌, 肠致病性大肠埃希菌
16S rDNA序列在艾伯特埃希菌鉴定中的应用
王斌, 王红, 熊衍文, 许彦梅, 刘祥, 肖波, 孙松松, 周阳, 白锐, 张玲
2016,31(3) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2016.03.007
目的 通过16S rRNA基因序列分析快速鉴定艾伯特埃希菌。方法 以30株疑似艾伯特埃希菌为材料,使用通用引物扩增其16S rRNA基因并进行测序。获得的序列与艾伯特埃希菌型菌株LMG 20976,基因组测序菌株KF1、NBRC107761、TW07627以及其他密切相关的细菌种(大肠埃希菌、赫曼埃希菌、费格森埃希菌、志贺菌和Shimwellia blattae)的16S rRNA基因序列进行比较,并使用N-J法构建进化树来分析其相关性。结果 30株疑似艾伯特埃希菌的16S rRNA基因序列与艾伯特埃希菌参考菌株的序列相似性最高,并与其聚类为一簇,为艾伯特埃希菌。结论 16S rRNA基因测序分析可用于艾伯特埃希菌的快速鉴定。
关键词: 16S rDNA, 艾伯特埃希菌, 鉴定
艾伯特埃希菌快速鉴定方法比较研究
刘祥, 张玲, 李新琼, 闫国栋, 邹年莉, 张正东, 李群, 熊衍文, 王红
2017,32(8) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2017.08.016
目的 评价目前用于快速鉴定艾伯特埃希菌方法的特异性。方法 利用51株艾伯特埃希菌及其他对照菌株,分别评价基于clpX、lysP和mdh基因的三重聚合酶链式反应(PCR);基于EA 0134基因的单重PCR;基于EACBF 2103-EACBF2104基因的巢式PCR。结果 51株艾伯特埃希菌三重PCR均为阳性,鉴定吻合率为100%;巢式PCR两轮结果均为阳性,鉴定吻合率为100%,对照组第1轮PCR结果全部为阴性,但第2轮出现非特异条带。51株中49株EA 0134基因为阳性,鉴定吻合率为96.08%,对照菌株中伤寒沙门菌和肠出血性大肠埃希菌O157:H7扩增出大小类似的片段。结论 EA 0134基因在一些菌株中缺失,会造成漏判,同时在部分肠道菌株中存在非特异性扩增,会造成误判。三重PCR和巢式PCR的第1轮扩增均具有高特异性,可作为目前艾伯特埃希菌分离株的PCR快速鉴定方法,为艾伯特埃希菌相关的临床诊断和突发公共卫生事件处置,提供准确快速的诊断依据。
关键词: 艾伯特埃希菌, 快速鉴定, 特异性评价
肠出血性大肠埃希菌感染人巨噬细胞产生白介素-1β水平的研究
王淑京, 程喻力, 熊衍文, 张晓嫒, 黄元铭, 任志鸿, 宋利琼
2013,28(4) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2013.4.022
目的 通过构建EHEC O157:H7野生株和突变株等不同菌株,来感染THP-1细胞,从而比较以上不同菌株的细胞毒和IL-1β等细胞因子的产生水平,同时比较使用有无胎牛血清(FBS)培养的THP-1对产生细胞因子水平的影响。 方法 将上述各菌株分别定量稀释于RPMI1640,5%FBS的细胞培养液中,在感染后2~10 h,用cytotox96试剂盒定量检测乳酸脱氢酶(LDH)的释放。同时用Luminex和酶联免疫吸附试验试剂盒定量检测多种细胞因子的水平。 结果 EHEC -O157:H7-ehxA是THP-1细胞毒作用的主要贡献者,并可引起高水平IL-1β的产生;在OPT1-MEM无血清培养基中,野生型菌株和突变型之间IL-1β的产生差异则更加显著。 结论 EHEC-O157:H7-ehxA 可诱导高水平IL-1β的产生,FBS能刺激细胞产生一定非特异性的IL-1β,这可能会导致高的背景和隐藏细胞株之间的真正差别。
关键词: 肠出血性大肠埃希菌, 人巨噬细胞, 白介素-1β
鉴定五类致泻性大肠埃希菌和志贺菌的多重PCR方法
赵爱兰, 熊衍文, 白雪梅, 张少敏, 王艳, 孙晖, 叶长芸
2011,26(1) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2011.01.020
目的 建立一种快速鉴定和鉴别五类致泻性大肠埃希菌和志贺菌的多重PCR方法。 方法 利用五类致泻性大肠埃希菌和志贺菌的毒力基因stx1、stx2、eaeA、lt、stIb、aggR、ipaH及16S rRNA基因rrs,建立8重PCR反应体系,并对PCR引物、反应体系和循环条件进行优化。 结果 8对PCR引物均能特异地扩增相应的基因。对本实验室87株大肠埃希菌及志贺菌的检测结果与先前应用单重PCR的鉴定结果完全一致。 结论 采用内对照基因和毒力基因建立的多重PCR方法既能在一个反应体系中鉴定和区分五类致泻性大肠埃希菌和志贺菌,又能评价PCR体系的反应效率,为五类致泻性大肠埃希菌的快速鉴定和鉴别提供了一种有效检测手段。
关键词: 致泻性大肠埃希菌, 多重PCR方法, 内参照基因
黑龙江省肠出血性大肠埃希菌遗传基因型别的研究
裴迎新, 李俐, 林玲, 孟琳, 谭金煜, 熊衍文, 苏华
2011,26(3) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2011.03.003
目的 对肠出血性大肠埃希菌(EHEC)的遗传基因型别进行不同分子分型方法的对比研究,从分子流行病学角度分析黑龙江省EHEC的检出情况,并对多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方法用于EHEC的分型效果进行评价。 方法 采用毒力基因鉴定、核酸脉冲场凝胶电泳(PFGE)与MLVA 3种方法对70株EHEC进行遗传基因型别分析。 结果 70株菌中有12株含有eaeA基因,7株含有hlyA基因,1株含stx1与stx2,2株含有stx2基因。在PFGE的研究中,依据经XbaⅠ酶切后,具有相同电泳图谱的菌株被定义为PFGE同一群落的菌株,将47株菌株分成35个型别。MLVA通过对7个位点的串联重复序列的比较研究,发现10株O157菌株在7个位点上等位基因的数目为2~5种,10株细菌被分为8个MLVA的型别。 结论 在农户养殖中存在EHEC的水平传播,MLVA的6个分型位点对EHEC O157菌株都有部分菌株不存在等位基因,还需增加菌株数量以对其分型位点做进一步研究。
关键词: 肠出血性大肠埃希菌, 脉冲场凝胶电泳, 多位点串联重复序列分析, 多位点串联重复序列, 分型
弥散黏附性大肠埃希菌多重PCR检测方法的建立及其在感染性腹泻患者中的流行情况
阳波, 张网, 郭秋生, 白向宁, 许彦梅, 熊衍文, 罗成旺
2017,32(5) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2017.05.017
目的 建立一种快速检测弥散黏附性大肠埃希菌(DAEC)的普通多重PCR方法,了解DAEC在腹泻患者中的流行情况。方法 根据DAEC黏附基因afaB、afaC、afaD、daaE及16S rRNA基因rrs,建立4重PCR反应体系,对PCR引物、反应体系和反应条件进行优化,评价敏感性和特异性,并应用于389份腹泻患者粪便标本的筛查。结果 4重PCR反应可以特异性扩增DAEC菌株afaB/C、afaD、daaE基因片段,除2株肠集聚性大肠埃希菌(EAEC)外,检测引物对其他致泻性大肠埃希菌及常见肠道病原菌均无特异性扩增,此多重PCR方法的检测下限可达3.20 101 CFU/反应(8.01 103 CFU/ml)。利用本研究建立的多重PCR方法对腹泻患者粪便标本进行检测,发现DAEC菌株分离率为6.2%(24/389)。结论 本研究建立的多重PCR方法可用于DAEC菌株的快速鉴别,也可用于人粪便标本DAEC的初步筛查。
关键词: 致泻性大肠埃希菌, 弥散黏附性大肠埃希菌, 多重PCR, 黏附基因
枸橼酸杆菌对β-内酰胺类抗生素的耐药机制
余燕, 徐建国, 熊衍文, 叶长芸
2008,23(3) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2008.3.180
枸橼酸杆菌(Citrobacter)是一种条件致病菌,近年来在临床上造成的感染越来越多,随之而来的是枸橼酸杆菌对常用抗生素(如-内酰胺类、氨基糖甙类和喹诺酮类等药物)的耐药性日益突出.枸橼酸杆菌对-内酰胺类抗生素的耐药机制主要是产生特异性的-内酰胺酶,而且不同种枸橼酸杆菌对抗生素的敏感性不同.因此,了解枸橼酸杆菌的耐药机制及进展,对预防和治疗由该属细菌引起的感染以及控制耐药性的蔓延有重要意义.
关键词: 枸橼酸杆菌, 耐药性, β-内酰胺酶
espP基因在O157 ∶ H7大肠埃希菌分离株中的分布
刘丽云, 熊衍文, 白雪梅, 叶长芸
2010,25(5) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2010.05.006
目的 了解espP基因在中国部分地区产志贺毒素O157大肠埃希菌分离株中的分布情况及特点。 方法 根据O157 ∶ H7的溶血素基因hlyA和细胞外分泌蛋白基因espP设计特异性引物,对113株O157大肠埃希菌分离株进行PCR检测。 结果 hlyA的阳性率为99.1%,espP的阳性率为72.5%,且只在有大质粒pO157的菌株中检测到espP。 结论 espP存在于携带pO157大质粒的O157 ∶ H7大肠埃希菌中,其分布与菌株来源、志贺毒素携带情况等没有相关性。
关键词: 肠出血性大肠埃希菌, pO157, espP, hlyA
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