云南省玉龙鼠疫疫源地宿主及媒介监测结果分析
李贵昌, 蔡文凤, 张福新, 鲁亮, 梁云, 王国良, 张正飞, 和映天, 陈志军, 刘起勇, 宋志忠, 俞东征, 王健
2009,24(2) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2009.02.015
目的分析云南省玉龙鼠疫疫源地宿主动物和媒介蚤类的组成、数量,探讨其疫源地性质,为鼠疫防治提供科学依据。方法2007年2-12月在疫源地及周边地区设9个监测点,室外采用鼠夹法,室内鼠笼法捕获小兽类,梳捡体蚤,鉴别种类。结果共捕获鼠型动物3目5科11属19中,共2390只,绒鼠(IEothenomys spp./I)47.28%,齐氏姬鼠(IApodemus chevrieri/I)37.11%。其中的绒鼠经头骨鉴定大绒鼠(IE. miletus/I)、玉龙绒鼠(IE. proditor/I)和黑腹绒鼠(IE. melanogaster/I)分别占19.09%,79.25%,1.66%,玉龙绒鼠在鹿子村、玉龙雪山是主要鼠种,其他监测点以大绒鼠为主。检获鼠体蚤2科6属6种共625只,方叶栉眼蚤(ICtenophthalmus quadratus/I)和特新蚤(INeopsylla specialis/I)数量最多,分别为62.08%和22.56%。棕形额蚤(IFrontopsylla spadix/I)和缓慢细蚤(ILeptopsylla segnis/I)占8.16%和5.28%,未发现印鼠客蚤(IXenopsylla cheopis/I)。结论该疫源地鼠型动物和鼠体蚤类构成与剑川疫源地类似,但也有其独特性。
关键词: 鼠疫, 疫源地, 宿主, 媒介, 监测
鼠疫耶尔森菌caf1M基因的克隆表达及其产物免疫学评价
王鹏, 石国祥, 程苏云, 王海滨, 俞东征, 张建中
2010,25(1) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2010.01.022
目的 原核表达有免疫学活性的重组caf1M蛋白(rCaf1M),并以此建立检测鼠疫抗体的辅助诊断方法。 方法 将去掉信号肽编码序列的caf1M基因片段与载体pGEX4t-1通过NcoⅠ和XhoⅠ双酶切位点进行连接,构建重组质粒caf1M-pGEX4t-1;将caf1M-pGEX4t-1转化入E.coli BL21(DE3)中诱导表达;表达产物rCaf1M经亲和层析进行纯化;以纯化rCaf1M及天然F1抗原喷制鼠疫抗体双检测NC膜,并以浙江各6份F1抗体阳性及阴性人血清标本进行应用评价。 结果 含有重组质粒caf1M-pGEX4t-1的BL21,经诱导产生了分子量约为55103的rCaf1M融合蛋白;rCaf1M融合蛋白与鼠疫菌免疫血清有较好反应;在浙江人血清标本的检测中,rCaf1M与F1抗体阳性者有明显反应,与F1抗体阴性者无反应。 结论 本研究制备的rCaf1M,与鼠疫菌免疫血清具有良好的免疫反应性,该rCaf1M可用于鼠疫辅助免疫学检测。
关键词: 鼠疫, caf1M基因, rCaf1M融合蛋白, 克隆表达, 免疫学活性
鼠疫菌基因组"默认编码序列" 数据库的建立与初步研究
张恩民, 王琪, 申小娜, 陈晨, 俞东征, 海荣
2010,25(6) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2010.06.005
目的 对8株鼠疫耶尔森菌全基因组间编码序列进行比对,寻找鼠疫菌中最普遍存在的编码序列,建立默认编码序列数据库。 方法 应用Blast软件、Perl编程及Excel软件等,对8株已测序全基因组编码序列进行比对和统计。 结果 建立了默认编码序列数据库,共有4271个编码序列。其中8株鼠疫菌核苷酸(氨基酸)完全一致的编码序列为1176个;对应的编码序列只存在1种默认编码序列的是2465个;存在2种默认编码序列的是630个。 结论 默认编码序列数据库是鼠疫菌中最普遍存在的编码序列集合,为进一步深入研究鼠疫菌的遗传特征提供了可靠信息。
关键词: 鼠疫耶尔森菌, 序列分析, 编码序列
鼠疫与假结核耶尔森菌基因组比较分析
俞东征
2011,26(10) .
为了在流行静息期间建立鼠疫监测,比较自网上下载的10株鼠疫菌及3株假结核菌的全基因组序列。发现依照鼠疫菌CO92株划分的68个板块,67个在假结核菌中完整或大部出现,确定了这些板块在假结核菌基因组中的连接顺序。确定了假结核菌具有与鼠疫菌同样的7拷贝rRNA基因簇,并由此引起最初的基因组重排。假结核菌与鼠疫菌分野前已在16个位置插入了4种插入序列,这些插入序列在假结核菌中尚未引起重排。确定了20处鼠疫菌特有的疫岛(PeI)与39处假结核菌特有的假岛(PsI)序列,这些序列可在监测中遇到非典型菌株时,用于鉴别鼠疫菌与假结核菌。
关键词: 鼠疫, 假结核耶尔森菌, 基因组
鼠疫菌起始板块编码序列分析
俞东征, 王宇萌
2012,27(7) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2012.7.003
目的 验证核糖体结合部位(RBS)定位的可靠性。 方法 选取了鼠疫菌基因组中一个具有特征性的板块,采用传统及RBS方法确定其中含有的编码序列(CDS)数量,比较其一致性,并通过对10株不同来源的鼠疫菌全基因组序列的比较,确定突变发生的位置及对CDS的影响,从而判断RBS基因判定方法的可靠性。 结果 利用RBS定位鼠疫菌起始板块中的蛋白质编码序列,CO92序列在该板块范围内共标注了47个基因的CDS,按本研究的方法可发现74个 CDS,其中与原标注完全相符24个,部分相符8个。发现9个CDS具有多个翻译起点。发现42个新CDS,多编码不足100个氨基酸的短肽。分析了10株鼠疫菌的突变,以判断突变对CDS的影响。在该板块范围内共出现SNP及插入或缺失突变36处,按原CO92基因标注,这些突变对12个CDS发生影响,但按照RBS的标注方法,受到影响的CDS减少至9个,还有3个CDS减轻了影响的程度。 结论 RBS可以成为认定基因确实存在的最重要指标,但目前尚不能取代以马尔科夫模型为基础的基因标注方法。
关键词: 核糖体结合部位, 编码序列, 板块, 突变
鼠疫菌基因组学研究进展
申小娜, 海荣, 俞东征
2009,24(6) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2009.06.019
不同来源鼠疫菌株和假结核菌的测序完成,为我们通过比较基因组学手段对鼠疫菌进行研究提供了前所未有的机遇。本文通过对鼠疫菌基因组间及其与假结核菌基因组的分析比较,从全基因组的水平描述了鼠疫菌的基本特征,并论述了目前以比较基因组学为手段,从基因组水平来探讨鼠疫菌在编码序列、基因组重排、毒力基因、生境适应、种间种内进化等方面的研究现状。
关键词: 鼠疫, 耶尔森菌, 基因组, 比较基因组学, 进化基因组学
鼠疫耶尔森菌基因组重排研究进展
谢芳 (综述), 海荣 (审校), 俞东征 (审校)
2010,25(5) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2010.05.016
介绍细菌基因组重排现象的发现、特点以及重排后对细菌遗传和进化所产生的影响。经研究发现鼠疫菌基因组中的插入序列和重复序列是造成鼠疫菌基因组频繁重排的重要原因,不同来源鼠疫菌基因组的重排有一定的规律性,它们之间的遗传学距离以及基因之间相应的连接方式是识别和鉴定鼠疫菌的重要指标。
关键词: 鼠疫耶尔森菌, 基因组重排, 研究进展

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